单细胞分析流程加seuart包使用分析
单细胞转录组学分析流程
下机数据的处理(10X为例)
cell ranger是10X genomics公司提供的,专门用于分析10X单细胞转录组数据的Ppipline,包括原始数据的拆分,构建索引,表达定量,合并数据,聚类分类等多个功能。
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构建索引
cellranger mkref --genome=AT --nthreads=10 --fasta=Arbidopsis.fa --genes=Arabidopsis.gtf
定量
cellranger count --id=sam
原创
2020-08-24 10:31:58 ·
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