小白卤菜的博客

R语言biom格式文件的打开于读取.BIOM格式在R语言中通过biom包打开，关于文第五

官方版本只有3.5.3太低了，很多生物信息的包都至少3.6所以我花大概快一个星期终于找到了办法，按道理应该很简单的事情被我复杂了安装老是遇到问题不过好在安装成功了获取库源https://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/bin/linux/debian/#supported-branches对应的安装版本有相应的库源，所以为了自动化安装我们就要找到相应的库源vim /etc/apt/sources.list#存放库源的文件，在里面加入相应R的库源库源就是下面那个划圈的加

R Markdown安装环境导入数据setwd("D:/scRNA-seq")pbmc.data <- Read10X(data.dir = 'hg19')#导入10x矩阵#对数据进行初步赛选pbmc <- CreateSeuratObject(counts = pbmc.data, project = "pbmc3k", min.cells = 3, min.features = 200)#数据导入，筛选，将一个基因必须在三个细胞内表达，一个细胞必须要有200个基因片段。p

#使用R语言从字符串提取关键信息使用Stringr包通过正则表达式在一堆数据中提取时间时间格式为数字年数字月数字日所以使用正则表达式提起，之前在网上找了半天没找到类似于liunx的awk或者grep相似功能的函数代码，不过运气好发现了一个string的包所以进行了安装提取发现可以实现类似于awk的使用library(stringr)str_extract_all(dat3[,8],'[0-9]{4}.[0-9]{2}.[0-9]{2}') unlist(str_extract_all(dat3

@[toc]无第一次R语言安装Seruat失败出现无法提取ZIP的现象。##很大原因是没有安装‘rJava’包导致的失败如果无法创建文件夹就是没有打开管理员模式无法安装在最后从zip文件中提取错误1安装’rjava’解决问题...