cytoscape windows&Linux下载方法

最新推荐文章于 2025-03-14 13:57:36 发布
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分类专栏： Linux 文章标签： linux github
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.youkuaiyun.com/weixin_44432993/article/details/106282683
版权
本文详细记录了在Linux和Windows上下载安装Cytoscape的过程，包括在Linux中通过官网、wget和GitHub下载的尝试，以及在Windows上遇到的JVM启动问题和解决方法。在Linux安装时，需要先下载Java，而Windows安装则需解决软件寻找JRE的问题。作者分享了最终成功安装的经验，并提供了不同版本的安装包百度云链接。

摘要生成于 C知道 ，由 DeepSeek-R1 满血版支持， 前往体验 >

Cytoscape

Linux下载

尝试过的办法：
1.从官网 link下载Linux版本
结果：网络错误
推测理由：可能是外网软件，无法下载

2.在linux中使用wget

wget https://github.com/cytoscape/cytoscape/releases/download/3.8.0/Cytoscape_3_8_0_unix.sh

结果：下载速度只有几十Kb/s

3.github上下载
https://github.com/cytoscape/cytoscape/releases/


                

                
                
        

    

  


        

            

                    
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cytoscape插件下载_一网打尽：cytoscape详细教程

				
			

			

				

					weixin_34701481的博客
				

				

					12-03
					
					9604
					
				

			

		

		

			
				
目录简介1、cytoscape简介2、cytoscape使用举例3、图形美化4、子网提取5、String-蛋白质相互作用数据库建议阅读时间：20分钟。一、Cytoscape——简介Cytoscape 是一个专注于开源网络可视化和分析的软件。它的核心是提供基础的功能布局和查询网络，并依据基本的数据的结合成可视化网络。Cytoscape 源自系统生物学，用于将生物分子交互网络与高通量基因表达数据和其他...

			
		

	



                

            
              



	

		

			

				
					
RNA-seq分析：Step10（Cytoscape制作蛋白质互作网络及寻找核心基因）

				
			

			

				

					沉香best的博客
				

				

					09-09
					
					2710
					
				

			

		

		

			
				
Cytoscape是一个生物信息学工具，用于可视化和分析分子相互作用网络。在Cytoscape软件中，输入的edges文件指的是连接节点的边缘信息，该文件包含了所有边缘的起始节点和终止节点的信息。通过同时导入edges和nodes文件，Cytoscape可以生成一个可视化的网络图，其中所有节点和边缘的属性信息可以根据需要进行调整和编辑。在寻找核心基因时，我们可以利用Cytoscape提供的网络分析工具，如度中心性、介数中心性、紧密度等指标，来计算网络中各节点的重要性，并筛选出具有重要作用的核心基因。

			
		

	



              


  
              

                


	

		

			

				
					
Linux_Cytoscape

				
			

			

				

					dijiaokao4214的博客
				

				

					10-15
					
					488
					
				

			

		

		

			
				
转载于:https://www.cnblogs.com/Dan160703/p/5964685.html

			
		

	





	

		

			

				
					
ubuntu下的Cytoscape下載

				
			

			

				

					severe777777的博客
				

				

					09-18
					
					966
					
				

			

		

		

			
				
在安裝前的準備：安裝jre

https://blog.youkuaiyun.com/severe777777/article/details/82761662

 

現在開始安裝cytoscape

1 先在觀望下載合適的版本Cytoscape，我選擇的是2.7版本

2 終端輸入：sudo sh Cytoscape_2_7_0_unix.sh

3 跳出安裝界面，選擇需要安裝的路徑，enter到結束...

			
		

	



		

			
		



	

		

			

				
					
OWASP ZAP提示The install4j wizard could not find a Java(TM) Runtime Environment...minimum version: 11

				
			

			

				

					qq_45428122的博客
				

				

					03-14
					
					378
					
				

			

		

		

			
				
这个提示的意思就是说你的Java版本呢最低要Java11，我这里下载的是Java21就可以正常使用了，下载好了之后安装Java21，然后傻瓜式安装OWASP ZAP就可以啦~
[https://www.oracle.com/java/technologies/downloads/#java21]以上就是今天要讲的内容，本文仅仅简单介绍了OWASP ZAP的安装错误解决哦~

			
		

	





	

		

			

				
					
cytoscape使用教程

				
			

			

				

					01-02
				

			

		

		

			
				
这是一个相对来世是非常全面的学习讲义，有很多朋友从这篇讲义中学习到了很多。这篇讲义是pdf格式，希望下载的用户能够在自己的电脑中安装pdf阅读软件。

			
		

	





	

		

			

				
					
install Cytoscape on Ubuntu

				
			

			

				

					swuteresa的专栏
				

				

					08-27
					
					3262
					
				

			

		

		

			
				
Download the Cytoscape installation file for Linux from
     www.cytoscape.org

Open a terminal and change the execution file property

chmod a+x  Cytoscape_3_0_2_unix.sh


Start installation 

			
		

	





	

		

			

				
					
在Centos7中安装Cytoscape

				
			

			

				

					qq_40182103的博客
				

				

					06-29
					
					264
					
				

			

		

		

			
				
#在Centos7中安装Cytoscape
#激活java11，安装Cytoscape前需要激活java11，若没有，先安装Java
. .bashrc.jdk-11.0.11
#安装
~/install/Cytoscape_3_8_2_unix.sh -q
cd
cd Cytoscape_v3.8.2/
./Cytoscape
~/Cytoscape.Desktop




			
		

	





	

		

			

				
					
经典卷积神经网络算法(3)：VGG

				
			

			

				

					chb4715的博客
				

				

					06-01
					
					486
					
				

			

		

		

			
				
html { font-family: sans-serif; -ms-text-size-adjust: 100%; -webkit-text-size-adjust: 100% }
body { margin: 0 }
article, aside, details, figcaption, figure, footer, header, hgroup, main, menu, na...

			
		

	





	

		

			

				
					
cytoscape manual

				
			

			

				

					03-25
				

			

		

		

			
				
Cytoscape支持跨平台，可以在Windows、Mac OS X以及各种Linux发行版上运行。它需要Java的运行时环境，至少需要Java 8或更高版本。在安装好Java环境后，用户可以运行Cytoscape，并通过Starter Panel进入基本功能区域...

			
		

	





	

		

			

				
					
diffusion:Cytoscape应用程序可与热扩散服务交互

				
			

			

				

					05-26
				

			

		

		

			
				
Cytoscape是一个基于Java开发的平台，因此具备跨平台的特性，可以在Windows、Mac OS X和Linux等操作系统上运行。它的核心功能包括网络创建、编辑、导入和导出，以及丰富的视觉样式定制，以适应各种生物学数据的展示...

			
		

	





	

		

			

				
					
cytoscape.js

				
			

			

				

					05-29
				

			

		

		

			
				
制作网络图谱使用的第三方库cytoscape.js，包括cytoscape的语法及小案例。

			
		

	





	

		

			

				
					
cytoscape教程

				
			

			

				

					10-23
				

			

		

		

			
				
cytoscape教程，简单协助应用该教程进行绘图，可将可视化图片设置成想要的效果，易学实用。

			
		

	





	

		

			

				
					
cytoscape-impl:Cytoscape 3实现包

				
			

			

				

					03-17
				

			

		

		

			
				
Cytoscape 3实施套件是用Java语言编写的，这得益于Java的跨平台特性，使得该软件能够在多种操作系统上运行，包括Windows、Mac OS和Linux。Java也是Cytoscape选择的基础，因为它提供了丰富的库和强大的性能，支持大...

			
		

	





	

		

			

				
					
cytoscape插件下载_cytoscape五步曲之三：安装各种插件

				
			

			

				

					weixin_28818721的博客
				

				

					12-28
					
					2855
					
				

			

		

		

			
				
软件安装我就不多说了，直接去官网下载即可，请务必下载3.x版本，我讲的是 最新版教程！本次讲解如何给cytoscape安装插件，cytoscape本身是一个平台，学者可以在上面开发各种各样功能的插件实现不同的分析需求，类似于R语言这个平台，人们在上面安装包一样。R里面如何安装包我博客讲了4次，基本上看完的人都会懂。而cytoscape不一样，它的插件安装非常简单！非常简单！非常简单！你只需要去cy...

			
		

	





	

		

			

				
					
Ubuntu18.04安装Tensorflow-gpu-1.9.0+Cuda10.0(GPU)+cuDNN7.4.1+Opencv-3.4.0+Matlab+Caffe

				
			

			

				

					半度微凉的博客
				

				

					12-12
					
					3602
					
				

			

		

		

			
				
PS: 装完全部的软件心太累了，安装步骤公开，软件包我另外附加链接，原谅我收了1个金币，因为真的不容易。

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1 安装Anaconda3，便于后期软件管理和caffe的配置。不安装Anaconda可以参考Ubuntu16.04这篇


bash Anaconda3-5.2.0-Li...

			
		

	





	

		

			

				
					
cytoscape插件下载_cytoscape插件BinGO安装以及GO富集分析和网络可视化

				
			

			

				

					weixin_35987446的博客
				

				

					12-28
					
					3306
					
				

			

		

		

			
				
1.安装cytoscape：BInGO为cytoscape软件的插件，因此要使用BinGO，应先安装cytoscape。cytoscape的安装非常简单，由于cytoscape为java软件，安装之前在自己的电脑中提前安装java 的JDK 安装方法见：https://www.omicsclass.com/article/298之后到cytoscape官网下载最新版本安装就好：http://www...

			
		

	





	

		

			

				
					
Cytoscape之操作界面介绍

				
			

			

				

					悟道西方
				

				

					06-20
					
					2430
					
				

			

		

		

			
				
Cytoscape是一个专注于开源网络可视化和分析的软件。软件的核心部分提供了网络显示、布局、查询等方面的基本功能。软件的核心可以通过插件架构进行扩展，这样就能快速地开发出新的功能。Cytoscape 源自系统生物学，用于将生物分子交互网络与高通量基因表达数据和其他的分子状态信息整合在一起。虽然Cytoscape也能适用于其他分子构件和相互作用，但其最强大的功能还是用于大规模蛋白质輭蛋白质相互作用、蛋白质-DNA和遗传交互作用的分析。各种物种（包括人类）的这方面的实验数据都在迅速增加。

			
		

	





	

		

			

				
					
Cytoscape下载和安装教程

				
			

			

				

					FL1623863129的博客
				

				

					02-26
					
					1718
					
				

			

		

		

			
				
Cytoscape是一款功能强大的网络可视化和分析工具，适用于生物学研究中的复杂网络分析。

			
		

	





	

		

			

				
					
安装cytoscape

					
最新发布

				
			

			

				

					04-26
				

			

		

		

			
				
<think>好的，用户需要查找如何安装Cytoscape的信息。首先，我需要回忆之前提供的引用内容，看看有没有相关的安装指南。引用[1]提到了通过npm、bower安装或者直接下载库文件，但看起来这是关于Cytoscape-Cola的，可能和Cytoscape.js相关，而不是桌面应用Cytoscape。用户可能混淆了这两个，需要确认清楚。

然后引用[2]提到克隆主项目仓库、使用脚本初始化子项目、Maven安装等，这应该是从源码构建Cytoscape开发环境的步骤，适合开发者。而普通用户可能只需要桌面应用的安装方法。引用[3]是关于软件使用说明，和安装无关。

用户的问题可能分两种情况：安装桌面版Cytoscape应用，或者安装Cytoscape.js库。需要先确定用户的需求。根据用户最后的问题“Cytoscape 安装指南”，通常是指桌面应用，所以应该重点介绍桌面版的安装步骤。

需要检查Cytoscape官方网站的标准安装流程。通常步骤包括下载安装包、系统要求、安装步骤（Windows、macOS、Linux）、常见问题等。同时，引用[2]中的源码编译方法可以作为高级选项补充，但普通用户可能不需要。

另外，用户提供的引用中有关于Cytoscape-Cola的安装方式，可能用户混淆了Cytoscape的不同部分，需要明确区分。要确保回答准确，避免误导。需要确认Cytoscape桌面应用的标准安装步骤，并参考引用中的正确信息，比如直接下载库文件或者通过包管理器安装可能适用于Cytoscape.js，而桌面应用则是直接下载安装包。

总结回答结构：先介绍主要安装方式（桌面应用），然后分系统说明步骤，接着补充其他安装方式（如开发者从源码构建），最后给出验证安装的方法和相关问题。需要确保LaTeX格式正确，使用中文，并生成相关问题。</think>### Cytoscape 安装指南

Cytoscape 的安装方式主要分为 **桌面应用安装** 和 **开发环境构建** 两种场景，以下是详细步骤：

---

#### **一、桌面应用安装（推荐普通用户）**
1. **系统要求**  
   支持 Windows/macOS/Linux 系统，需确保：
   - 内存 ≥4GB（推荐8GB以上）
   - Java 11+ 运行环境

2. **下载与安装**  
   - **Windows/macOS**：  
     访问[官网下载页](https://cytoscape.org/download.html)，选择对应系统安装包（如 `Cytoscape_3.9.1_windows_64bit.exe`），双击运行并按提示完成安装[^2]。
   - **Linux**：  
     下载 `.tar.gz` 压缩包，解压后运行终端命令：
     ```bash
     tar -xzf Cytoscape_*.tar.gz
     cd cytoscape
     ./cytoscape.sh
     ```

---

#### **二、开发者环境构建（需源码编译）**
适用于二次开发或自定义功能扩展：
```bash
# 1. 克隆仓库
git clone https://github.com/cytoscape/cytoscape.git

# 2. 初始化子项目
./cy.sh init

# 3. 编译安装（跳过测试）
mvn clean install -DskipTests

# 4. 启动应用
./cytoscape.sh
```
此方式需提前安装 Git、Maven 和 JDK[^2]。

---

#### **三、验证安装**
启动应用后，通过菜单栏 `Help → About Cytoscape` 查看版本信息。若界面显示类似以下内容，则安装成功：
$$ \text{Version: } 3.9.1 \quad \text{Java: } 11.0.12 $$

---

			
		

	



              




          




        



    





    



      

      

        
      

      





	

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成就一亿技术人!

          

          

        

        

          

          

            领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝
            规则
          

        

      

      

        

          

            
              
            
            

              
hope_wisdom
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