XH生信和机器学习空间

最近用cybersort 分析细胞出现“$ operator is invalid for atomic vectors"错误，快放弃时，看到一个。说是缺少e1071包，安装以后，报错解决。安装e1071包后运行正常。

githhub消除api_rate 限制，安装ggforestplot包

最近工作关系，需要重现一个文章的基因芯片数据分析，查找差异基因，花了一天时间跑了limma流程，供大家参考。论文名字为 Identification of inflammatory mediators in patients with Crohn’s disease unresponsive to anti-TNFα therapy, 是三组之间的差异基因比较。想复现这个图：我图省事，直接GEO数据库中下载了基因表达量的矩阵文件GSE52746_series_matrix.txt.gz, 直接从mat

以前都是python中matplotlib画图，自从学会R后，用R画图更合适# 读取数据和查询数据taxon <- read.table("top_genus.txt")acc <- read.table("top_genus_acc.txt")# 导入库library("ggplot2")# 构建数据框用来画图data <- data.frame(taxon=...

从car 包中导入R中Salaries数据集时发现不存在：> data(Salaries, package="car")Warning message:In data(Salaries, package = "car") : data set ‘Salaries’ not found原来是Salaries 数据转移到carData包中了，重新导入即可> data(Salar...

在练习《R语言实战》一树的”分类“这张要用到pima-indians-diabetes 数据库，但原书中的连接已经失效，因此重新在网上找了一个链接地址，只需一下代码即可下载：url <- "http://nrvis.com/data/mldata/pima-indians-diabetes.csv"diabetes <- read.table(url, sep=",", head...

在做矩阵的内积计算时（%*%），出现“requires numeric/complex matrix/vector arguments”错误：出现错误的代码：> a <- cbind(1,x)> b <- fit$coefficients> > dim(a)[1] 50 5> b (Intercept) Population ...