文大于2-优快云博客

原创核密度估计——从直方图到核密度（核函数）估计_带宽选择

通过积分来验证密度估计的方法。我们可以使用插值函数approxfun来对频率多边形的估计进行插值，然后使用integrate函数对其进行积分，计算其在整个定义域内的总和是否等于1。上方的代码展示了这一过程：首先通过approxfun函数创建了插值函数fpoly，然后使用integrate函数对其进行积分。在输出中我们可以看到积分的结果非常接近1，并且误差极小这就验证了这个频率多边形密度估计符合概率密度的基本性质。

2024-12-04 22:13:34 2286

原创计算生物——VScode后台加载嵌入向量并保存_提高模型加载速度(09.23)

定义一个简单的MLP模型return out# 计算更新后的输入维度（如果最后结果并没有达到预期，也可以尝试改进这个模型~）

2024-09-25 09:19:52 1159

原创课程报告1_词云图+日历热力图+中国地域交互热力图_R语言

再生成词云图。

2024-09-24 22:40:50 554

原创计算生物学习——Code_基于PrimeKG创建异构图

文献/数据（.csv）下载代码下载浅浅弄了一个思维导图~

2024-09-20 09:55:55 1108

原创计算生物学习——Code_创建异构图②

将ID列转换为类别型数据并将类别转换为数值编码的作用是将原本可能是字符串类型的ID（如。便于后续在图计算中处理这些ID，因为大多数图计算库（包括DGL）要求节点和边的ID是。:每种类型的边的数量。每种边类型由三元组（源节点类型，边类型，目标节点类型）表示。等）转换成数值类型。每个唯一值对应一个唯一的整数代码。:节点类型和边类型之间的关系。会被转换成相同的整数代码。每种类型的节点的数量。保持相同ID的一致性。

2024-07-30 18:42:00 908

原创计算生物学习——Code_创建异构图_①安装dgl

根据咱第一篇博客的方法下载好pytorch(这里用的还是python 3.8)我发现是我忽略了pytorch的版本，这里并没有2.4.0的版本.....(记住这个2.4.0+cu118，别跟着学，看到后面就懂了)发现可能不能直接用pip install dgl安装。把Error中提示说没装的都装上。点击下面的网址，选择对应的版本进行安装。就用上一篇博客中的BidingDB。，会提示说有包没安装，安装上就行~打开网址，查找可以下载的dgl。确定OS和CUDA的方法上面有。提示中没装的包都装上~

2024-07-30 01:52:46 959

原创计算生物——Code_Pytorch框架——蛋白靶点小分子药物对接亲和力预测_CPU（07.11-07.22）

ESM2 模型设置## 加载本地的 tokenizer 和模型定义一个新的类，它继承自PyTorch的Dataset类。这个类用于创建一个自定义的数据集，可以与DataLoader一起使用来加载数据。__init__函数，用于初始化类的实例变量。data：包含数据的DataFrame。：将SMILES字符串转换为向量表示的函数。：将生物分子的序列转换为嵌入向量的函数。__len__返回数据集的长度，即数据集中样本的数量。获取数据集中的单个样本。根据索引ind。

2024-07-29 01:25:50 1333

原创计算生物学习——Code_SMILES的向量表示_ChemBERTa(07.16)

模型在输入序列中随机遮盖（mask）一些令牌（tokens），然后预测这些被遮盖的令牌。参数越多，模型的容量越大，可以捕捉到更多的复杂特征，但也需要更多的计算资源来训练和推理。记得定义一下自己的local_model_path(文件夹（chemBERTa_files）所在的路径)这是在提示说我加载的模型不完整或有一些参数没有在预训练过程中保存下来。尝试加载模型时，遇到和之前一样的情况，用和之前一样ESM2的方法：本地加载。是模型池化层（pooler layer）的权重。根据错误信息，我加载的模型使用的是。

2024-07-17 17:57:56 1338 2

原创故障信号诊断——稳态幅度和稳态相位理论推导补充（07.15）

发现广义变换后的理论推导，比较模式化，按着步骤慢慢推导就可以了。广义变换（时间尺度变换）等式两边求期望（乘以。

2024-07-15 23:51:14 288

原创读文献——Amplitude和Signal-to-Noise Ratio (SNR)解析式理论推导

主要目的是解释分数阶Langevin方程中噪声和记忆核的数学特性，并通过波动-耗散定理连接二者。特别强调Hurst参数的选择条件，以确保记忆核的正值特性。能描述具有异常次扩散的系统中的随机动力学。解释了记忆核和噪声之间的关系，并强调了这种方程在处理异常次扩散系统中的优势。：处理诸如 〈Z(t)x(t)〉这样的乘积的期望值。得输出幅度和信噪比（SNR）的精确表达式。的波动，建模为双态噪声，取值为。分数高斯噪声 (FGN)分数布朗运动 (FBM)还没学会推系数...

2024-07-12 18:01:56 366

原创课程作业——精算统计_De Pril‘s & Kornya递推公式

以对角线11为例，当人在54岁死亡的概率q_1，赔付i_1的保单持有人数为400。得到的结果和书上进行对比（黄色部分是存在误差的，大概为0.0001。已知数据和结果，需要自己写出代码并跑出与书上结果相对应的结果。改变b_k_x函数中的2/3,可得到K2，K3对应得值。因为花了蛮多时间，特来留个纪念。

2024-07-08 13:28:10 226

原创读文献——轴承故障诊断【07.05-07.07】

(e):阻尼系数（γ=0.2）、固有频率（ω²=1.0）、随机波动强度（σ²=0.2）、GST系数（λ=0.5）、故障频率fd=100Hz、D=0.5时，OAA随参数R的变化情况。(d):阻尼系数（γ=0.2）、固有频率（ω²=1.0）、随机波动强度（σ²=0.2）、参数R=720、故障频率fd=100Hz、D=0.5时，OAA随GST系数λ的变化情况。(f):阻尼系数（γ=0.2）、固有频率（ω²=1.0）、随机波动强度（σ²=0.2）、GST系数（λ=0.5）、故障频率。与图2(e)类似，但。

2024-07-08 12:32:40 932

weixin_43213559的博客