使用化学错配断裂法(CCM)定位异源双链DNA中的碱基错配

研究背景

突变检测的化学错配断裂法(CCM)原理是通过检测由野生型和测试突变等位基因(通过PCR放大)杂交产生的异源双链DNA中的碱基错配来实现的。具体来说，CCM分析利用两种常用试剂来检测和修饰错配的嘧啶碱基。羟胺(NH2OH)通过形成跨越碳5,6双键的加合物来修饰错配的胞嘧啶(C)残基，而高锰酸钾(KMnO4)通过氧化碳5,6双键来修饰错配的胸腺嘧啶(T)残基。

研究主旨

该研究介绍了一种用于检测和定位异源双链DNA中碱基错配的化学错配断裂法(CCM)，特别适合于肿瘤基因突变的检测，因为它对样本量有限的情况具有高敏感性，并且不需要酶活性，降低了成本和优化需求。CCM方法能够有效检测点突变、插入和缺失，适用于自动化高通量检测。

研究特点

本协议描述了如何使用化学错配断裂法(CCM)来评估DNA区域是否含有突变以及定位它们。与其他突变检测技术(如单链构象多态性分析、变性高效液相色谱和变性梯度凝胶电泳)相比，这些技术在短DNA片段中检测突变并需要高度特异性的熔解温度，CCM具有更高的诊断敏感性，适用于肿瘤基因突变的检测，可以分析长达2kb的扩增子。

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