9-7 ~ 9-27做论文全过程的反思_反思写论文的过程-优快云博客

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实验是在八月底做完的，之后9.6周日的晚上和导师汇报，导师说可以开始写论文了，于是便开始了整理文献、憋论文、latex排版编辑的过程。本来预计一周写，一周改，然后交给付费编辑润色，就可以投出去了；结果却是花了一周的时间写，两周的时间改，刚刚才交付给编辑润色，写文章花了足足三周时间，超出了预期。

这里对做一篇文章出来的全过程，即包括前期（阅读文献、设计实验方案）+中期（编码）+后期（整理文献、写论文、排版美化）三个阶段所做的事情做一点反思，尝试找到优化做事方式、提高效率、提升科研质量的方法。

前期（阅读文献、设计实验方案）

失误之处

拿到文章就开始看，未曾想清楚我看它的目的究竟是什么？是要把它当成标杆文献（如领域内的经典）来仔细读，去反复琢磨它所提出方案的精妙之处、模仿它解决问题的方法、抑或是在其基础上将某个细节做改进变成自己的东西，还是只是被别的文献链接到此、只是想看看原文献中提到的方法的具体实现，还是想要通过它来了解该领域的背景知识？等等。这些问题我都不曾思考过，只两眼瞪着白纸黑字看，效率是极低下的。
没有及时做笔记或添加进文献库，增添后期找文献、重新阅读了写综述的负担。这点做得不好本质上还是太懒，思维不愿意站起来跑宁愿坐下歇着，坐着歇着看文献的一个后果就是，对文章的理解程度太浅，仅在脑中留下了「点」式的印象，而非与其他信息、观点、方法等连接紧密的一片「网」。另外，因为没有去画思维导图、写下它这步做的用意、与其他方法的比较等，所以这步做得不好也导致了之后自己在想新的idea时不得力。
实验方案在设计时，没有深入想清楚做这一步的「目的」是什么，就开始进入到编码阶段，结果就只能是做法被导师驳回，重新想方法、设计实验。没想清楚便贸然行动还是因为思维的韧性不够，只能接受「结论式」的信息，而鲜有「过程式」的内容。到头来做白功、走弯路。

对应的改进点

把要看的文献分个类，例如分为以下三类：

标杆文献（通常是领域大牛写的，影响力极高，无论解决问题的方法思路、写作论证的严密性都可借鉴学习，做出好的科研成果应当向此类文逼近，故它也是模仿的对象）
方法类文献（可以是标杆文献引用、翻阅文献过程中看到的任何在方法上有创新的文献，阅读时重点关注其解决问题的方法流程，此类文名气上比上面一篇略次）
背景信息类文献（通常是在拿到一个课题时首先要看的，筛选标准领域、课题、解决的问题相关即可，走马观花看，重点看abstract、intro，有个xx问题可以用xx解决即可，无需深究）

判断文章分别属于哪个类别，本身就需要一定的时间和精力，故在开始读之前先花点时间在网上多下载几篇，然后可以和导师、师兄师姐交流哪些值得深入阅读，而哪些不必深究。

再者，关于如何在读文献时提高对文章的理解程度，可以借鉴机器学习研究者的养成指南，吴恩达建议这么读论文里提到的论文阅读方法，即读一篇文章时问自己四个问题：1）作者要解决的问题是什么？2）作者解决该问题的方案的关键是什么？3）我可以做些什么？4）为了做成这件事，我还需要哪些信息？

手不能懒，看过的文献都应加入到endnote中（方便以后检索，而非想到后又去学术上搜索，太浪费时间了），并做好标记：这篇文章可以带给我些什么？它是如何帮助我完成手头的科研的？其次，大脑也不能懒，边读文章边写综述，中英文皆可，这一方面是增进自己对文献内容的理解，另一方面也是方便自己之后写作只需复制粘贴即可。总之，手和脑一个都不能懒，归纳总结之类的活，早晚都得干，留到后期写文章的时候再去干，不如早早地干，况且第一次见这文还是新鲜的，好奇心会更强驱动着把笔记做好。
要想设计好实验方案，现在反思来看，关键点就一个：将思维「具象化」。把自己的想法清清楚楚地表达出来，再去看可行与否，自己的脑袋里还一片浆糊，条理都未曾整理得清楚，只是知道这里做个xx分析，那里做个二分类，再做个排序之类，写也写不出，说也说不出个所以然，就急匆匆跑去写代码了，最终必然是无功而返。在这里把做事的条理理清的两个方法：1）写出来，敲在page上，仔细比对自己这一步这么做、下一步那样做，是否在逻辑上说得通、有理论支撑；2）说出来，即遇到自己拿不准的，或理论知识遗忘的，去请教同学、老师，问问他们自己这么做是不是可行，对理论的理解是否有误等等；或者在汇报的时候，完整地将自己的整套实验方案的流程讲给老师听——这是一个锻炼自己语言表达能力的绝好机会。

中期（编码、保存结果、画图）

失误之处

不规范。代码没能做成一套end-to-end的pipeline上传到hub，是因为在编码时只想着要编码了，没想过为了提高代码的可读性和后续修改的简易度，需要做好「变量注释、语句功能注释」操作（这么做的好处在于能帮助自己在编码时理清思路）；内聚程度太低，耦合度太高，复用性不强。总之，编写代码时太过随意了。
不关注对实验结果的保存，结果就是返工。

对应的改进点

一个字：慢。为之后阅读、修改、复用、上传代码等工作着想，一定要慢慢地做好每一步：变量名简洁易懂；注释帮助自己明确这一步要做的事然后再开始编程；心中有大局，pipeline常驻心间，按照软工中的编程规范去编码。
在保存时需要想清楚，结果究竟是要以什么形式呈现在最后的paper中的，是表格还是图，如果是表格，把能想到信息都存下来；如果是图，一方面要存下尽可能多维度的信息，另一方面清晰度一定得足（包括legend等，pdf存），这样后续需要时不需要重新再跑代码。自己经常在这一点上吃亏，因为存储的信息缺失或不够精确、美观等原因，耗费不必的时间去返工，如此情形常发生，可能已不仅仅是在保存结果时考虑不周了，更是在前期明确要解决的问题、做的事情上没有思考清楚急忙下手导致的结果。

后期（写论文、排版美化）

写论文

提纲（具体到段落） -> 制定计划去完成各个部分。其中在列提纲时，没有必要把全文全部内容的提纲都列出，仅列出自己确定一定要写的部分（如intro, materials and methods）,对于其他的各部分(如abstract, disucssion, conclusion) 有一定的想法要写什么，但可能边写想法边变，那么这时就应该先把确定的给写完，接着在写discussion前确定discuss的思路，再去具体实施，最后总览全文完成abstract 和conclusion.

排版美化

先将文字内容在word中完成，贴图片或表格处注释上即可但不必真的添加，最后将内容粘贴到latex中排版。这里需强调的一点是：「内容」和「排版」的活一定分开进行，改内容的时候就专注于把自己做的实验过程讲清楚、背景信息交代完整、上下文逻辑清晰、用词准确等，改排版的时候就不要怕麻烦地学习latex排版技巧，思考和目标期刊比对，哪里还没有改规范等等。不可写内容写到一半发现格式太丑就去改latex语句，也不可在改排版时捉摸着要不要将内容锦上添花等等。一次只专注进行一件事。