Scanpy 单细胞测序基因分析

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分类专栏： 生信 文章标签： 聚类 数据挖掘
于 2023-01-27 14:41:16 首次发布
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本文链接：https://blog.youkuaiyun.com/weixin_42357472/article/details/128770437
版权
本文介绍了使用Scanpy库进行单细胞测序数据分析的流程，包括读取10X数据、预处理、降维、聚类和可视化。详细步骤包括：读取矩阵文件、基因表达数据过滤和标准化、PCA降维、Louvain聚类以及通过PCA图展示聚类结果。此外，还提供了公共数据集的来源供测试。

摘要生成于 C知道 ，由 DeepSeek-R1 满血版支持， 前往体验 >

参考：https://www.bilibili.com/video/BV1sq4y1C7Qx/
https://scanpy-tutorials.readthedocs.io/en/latest/pbmc3k.html
https://zhuanlan.zhihu.com/p/537206999
https://scanpy.readthedocs.io/en/stable/api.html
https://www.sc-best-practices.org/preamble.html

代码下载：scanpy分析scRNA-seq数据基本流程（含scanpy seurat两大工具对比） 链接: https://pan.baidu.com/s/1vImSP_MNKEHuef-1qXE0pQ?pwd=9yvf 提取码: 9yvf

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一般分析流程

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scRNA-seq单细胞测序数据分析工具汇总
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scrna-seq-analysis:单细胞RNA测序数据分析
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单细胞RNA-Seq分析 这个为期2天的课程将讨论从scRNA-seq实验获得的数据的计算分析。 贡献 我们欢迎您为改进本课程而做出的所有贡献！ 如果您在此过程中有任何疑问，疑虑或遇到任何困难，维护人员将竭尽所能为您提供帮助。 我们想请您熟悉我们的《 ，并查看有关正确格式，在本地呈现课程的方式，甚至如何编写新剧集的。 请参阅当前列表，以获取有关对此存储库做出贡献的想法。 为了做出您的贡献，我们使用GitHub流，这在一章中有很好的解释。 维护者 本课程的当前维护者是 作者 可以在“找到该课程的参与者列表 引文 要引用本课程，请向咨询
Seurat 单细胞转录组测序数据分析教程（二）——python(scanpy)
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超详细解读带你读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程 （原理、代码和评述）
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