命名实体识别别中bio转换为bmes

这段代码读取并处理一个特定格式的文件,将其转化为双层列表结构,并进行标签转换。通过对标签的处理,将相邻标签根据BIO(Begin, Inside, Outside)规则进行整合,最后将处理后的数据写入新的文件中。

摘要生成于 C知道 ,由 DeepSeek-R1 满血版支持, 前往体验 >

#文件读取 
path = r'要转换的bio文件的文件地址'
res_path = r'存放转换后文件的文件地址'

#将文件转为双层列表的结构
f = open(path,encoding='utf-8')
f1 = open(res_path,"w+",encoding='utf-8')
sentences = []
sentence = []
label_set = set()
cnt_line = 0
for line in f:

    cnt_line += 1
    if len(line) == 0 or line[0] == "\n":
        if len(sentence) > 0:
            sentences.append(sentence)
            # print(sentence)
            sentence = []
        continue
    splits = line.split(' ')
    sentence.append([splits[0], splits[-1][:-1]])
    label_set.add(splits[-1])

if len(sentence) > 0:
    sentences.append(sentence)
    sentence = []
f.close()

# 文件转换 存储文件
for sen in sentences:
    i = 0
    for index,word in enumerate(sen):
        char=word[0]
        label=word[1]
        if index<len(sen)-1:
            if(label[0]=='B'):
                if sen[index+1][1][0]=='I':
                    label=label
                elif sen[index+1][1][0]=='O':
                    label = 'S'+label[1:]
            elif (label[0]=='I'):
                if sen[index+1][1][0]=='I':
                    label = 'M'+label[1:]
                if sen[index+1][1][0]=='O' or sen[index+1][1][0]=='B':
                    label = 'E'+label[1:]      
            elif (label[0]=='O'):
                label = label
        else:
            if(label[0]=='B'):
                label = 'S'+label[1:]
            elif (label[0]=='I'):
                label = 'E'+label[1:]      
            elif (label[0]=='O'):
                label = label

            
        f1.write(f'{char} {label}\n')
    f1.write('\n')
f1.close()
### 生物领域命名实体识别(NER)标注方法 对于生物领域的命名实体识别(NER),常用的标注方法主要包括BIOBMES以及更复杂的BIOES等。这些方法通过不同的标签组合来标记文本中的实体边界。 #### BIO标注法 BIO是一种广泛应用的简单有效的实体标注方案,在此体系内,`B`代表实体起始位置;`I`表示位于同一实体内部的位置;而`O`则用于指代不属于任何特定实体的部分[^3]。 ```plaintext 例如:蛋白质名称 "Insulin" B-I-O ``` #### BMES标注法 相较于BIOBMES提供了更为细致的划分方式,其中除了前述三种状态外还加入了`E`(End),专门用来指示多词构成的复杂实体结尾处[^1]。 ```plaintext 例子:"Human Papillomavirus" (人类乳头瘤病毒) B-M-E ``` #### 工具与教程推荐 针对生物学研究者而言,有多种开源软件包可以辅助完成高质量的数据预处理工作: - **spaCy**: 提供了强大的自然语言处理功能,支持自定义训练模型来进行专有名词提取; - **ScispaCy**: 特别为科学文献设计的语言解析库,内置大量医学术语字典资源; - **NLTK**: Python编程环境中最经典的NLP框架之一,适合初学者入门学习基础概念和技术实现细节[^4]。 此外,网络上存在许多优质的在线课程和文档资料可供参考,比如Coursera平台上的专项微学位项目或是GitHub仓库里由社区维护的最佳实践指南等。
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