coot怎么调用python_pymol使用笔记教程范本.doc

做了几年的蛋白质结构，结构解析只懂一点皮毛，现在基本改行了。前年为了发文章，自学了pymol，也能做一些图。结构解析自学比较困难，网上资料很少，尤其是中文的软件应用技巧，本文是学习过程中的一些笔记，主要是pymol的，有些部分是从网上搜的网友心得，发到百度文库，供大家参考，希望高手指正，同时表达对热心网友的感谢。

Pymol的笔记3

软件安装与初始设置3

Pml格式的右键菜单3

软件使用难题与Bug3

单字母标记氨基酸残基Windows用户3

基本知识4

景深4

全屏4

通用命令5

例一5

结构显示细调5

选择6

选择原子6

选择侧链6

选择骨架上的原子6

选择钙离子6

选择范围内原子6

从选择的原子扩展到残基6

color7

彩虹色(反彩虹色用：rainbow_rev)7

颜色举例7

label7

label字体7

设定label距离7

label举例7

label氨基酸残基7

氢键8

氢键概念8

目前使用的氢键做法：8

各种方法氢键数量比较8

氢键做法汇总8

结构叠加比对9

Align命令用法9

Wiki中的"align"命令9

静电势APBS(目前没有大问题)10

各种静电势方法总结10

安装10

精简的步骤10

分链作图11

动画11

Pymol出动画图方法11

手工抽图方法11

每帧都被光线追踪11

友立GIF动画使用11

Pymol教程与实例12

合用的教程分类12