linux下安装conda并使用

linux下安装conda并使用

linux下安装conda并使用

conda是生物信息分析必备的环境，集成了很多优秀的软件，关键是解决了依赖包的问题，很好用。记录一下我安装conda的心得。
conda有miniconda和anaconda，我推荐还是使用miniconda吧，自己去安装一些东西，可能好使用一些。。

conda安装

1、下载
https://repo.anaconda.com/archive/这里有不同版本的conda
2、安装

1. 执行脚本

bash Miniconda3-py39_4.10.3-Linux-x86_64.sh

2. 按提示安装
3. 为了让安装立即生效，需要执行 .bashrc 脚本，这样会立即进入到 conda 的 base 环境下

source ~/.bashrc

4. 添加官方源和国内源，这几乎是提速 conda 的唯一方式了

# 添加官方源
conda config --add channels r # R软件包
conda config --add channels conda-forge # Conda社区维护的不在默认通道中的软件
conda config --add channels bioconda # 生物信息学类工具

# 添加国内源头 （选其一添加即可）
# 添加中科大源
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --set show_channel_urls yes

# 添加清华大学源
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --set show_channel_urls yes

6. 查看 conda 源是否配置成功，可以看出各 channel 的优先级（从上到下优先级依次增加）

conda config --get channels

至此安装完成！

使用

常用命令

conda -V，看看是否安装了，以及conda的当前版本。
conda env list或conda info -e确认当前存在什么虚拟环境。
进入文件的bin目录下

# 激活环境
source activate
# 退出环境
source deactivate

添加环境变量

1、打开文件 bashrc：

vim ~/.bashrc

2、在弹出的文件末尾加上anaconda的路径：

export PATH=~/home/anaconda3/bin:$PATH

打开文件后按i进入编辑模式，按Esc退出编辑模式，shift+冒号然后输入wq 保存文件并退出
注意：这里是anaconda的安装路径，根据自己的安装路径即可
3、激活环境变量

source ~/.bashrc

执行以上三步后，便可在linux上使用conda命令了!