Ubuntu18.04下Bio3D2.3的基本安装

最新推荐文章于 2025-05-24 09:30:53 发布

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本文档详细记录了在Ubuntu 18.04上安装Bio3D 2.3的过程，包括安装R及其前置程序包。在R环境中执行特定命令来安装Bio3D，如果遇到遗漏的软件包，可以通过sudo apt install在bash中补充，并在R中重新尝试安装。完成安装后，可按照官方文档进行测试和功能扩展。

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这里我记录以下我的安装过程

1.安装R和前置

Bio3D是R程序包，安装Bio3D需要R和一些前置的程序包

根据官方文档，运用如下命令

apt-get install r-base-core netcdf-bin libnetcdf-dev libxml2-dev \
                libcurl3-dev seaview muscle pymol

来安装前置程序

当然可能有一些遗漏，这些遗漏在R中安装Bio3D时会显现，现在直接在R中安装即可

2.安装Bio3D

进入R

sudo R

安装软件包

install.packages("bio3d", dependencies=TRUE)

如果没有出现错误代码，则说明安装基本成功，可直接测试程序

出现像“安装程序包XXX时退出狀態的值不是0”这样的情况则可能是一些前置软件包遗漏

这时可以在安装过程中“ANTICOF ERROR”找到提示，根据提示来在bash中用sudo apt install命令安装缺失的软件包，再在R中重新输入上面的命令安装即可

3.测试软件

根据官方文档

library(bio3d) 
demo("pdb") 
demo("pca") 
demo("md")

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