MIMIC-IV官方视图解析 - cardiac_marker心脏标记表

作者在探索MIMIC-IV衍生表mimiciv_derived.cardiac_marker时遇到troponin_t值缺失问题,由于去标识化导致全为空。通过SQL修改提取实际数据,展示了如何处理此类问题并学习从itemid到有意义列的转换。

摘要生成于 C知道 ,由 DeepSeek-R1 满血版支持, 前往体验 >

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今天在学习官方衍生表mimiciv_derived.cardiac_marker心脏标记表时候发现了一些问题:

该表中troponin_t (肌钙蛋白t)的值结果都是空值null 或者  ___ (由于去标识化), 这明显是不合理的

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小编查看了该表的官方生成sql。

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几乎每个值都是 ___ (由于去标识化),因此派生表具有所有空值。然而 valuenum 列具有实际数据,因此我们应该更改代码以使用 valuenum

我来看下更改后的结果:


-- begin query that extracts the data
SELECT
    MAX(subject_id) AS subject_id
    , MAX(hadm_id) AS hadm_id
  
### MIMIC-IV 3.0 数据集介绍 MIMIC-IV 3.0 是一个公开可用的大型重症监护医学数据库,包含了波士顿Beth Israel Deaconess医疗中心成人患者的数据。该数据集涵盖了详细的临床记录,包括但不限于生命体征、实验室测试结果、药物治疗方案以及护理人员的笔记等[^1]。 #### 主要组成部分 - **mimiciv_hosp**: 包含住院期间的一般信息,如诊断、程序编码和其他医院层面的信息。 - **mimiciv_icu**: 集中于重症监护病房内的高频率监测数据,例如每小时的生命体征测量值和机械通气设置参数。 这些结构设计使得研究者能够方便地访问不同类型的时间序列数据,并支持多种类型的分析工作流。 ### 安装与配置指南 为了使用 MIMIC-IV 3.0 数据集,首先需要按照官方提供的指导完成本地环境搭建: 1. 下载并解压 PostgreSQL 的安装包; 2. 使用 `psql` 工具连接到目标服务器实例; 3. 执行 SQL 脚本以创建必要的模式和加载初始数据文件; 具体命令如下所示: ```sql -- 创建一个新的数据库用于存储 MIMIC IV 数据 CREATE DATABASE mimic; -- 连接到新建立的 mimiciii 数据库 \c mimic; -- 设置搜索路径以便后续操作可以找到正确的 schema SET search_path TO mimiciv_hosp, public; ``` 之后可以根据需求运行验证脚本来确认所有格都已正确导入[^3]: ```sql DO $$ BEGIN IF EXISTS (SELECT FROM pg_tables WHERE schemaname = 'mimiciv_hosp' AND tablename = 'patients') THEN RAISE NOTICE 'Table patients exists.'; ELSE RAISE EXCEPTION 'Table patients does not exist!'; END IF; END $$; ``` 通过上述步骤即可成功部署 MIMIC-IV 3.0 至个人计算机或云端环境中供进一步的研究开发之用。 ### 相关问题 1. 如何获取最新的 MIMIC-IV 版本? 2. 是否有针对特定疾病的子集可以从 MIMIC-IV 中提取出来? 3. 在处理大规模时间序列数据时有哪些推荐的技术工具? 4. 怎样确保从 MIMIC-IV 获取的数据隐私性和安全性?
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