多位点序列分型_Pubmlst：一个用于细菌分型的热门网站

最新推荐文章于 2024-12-28 20:04:28 发布

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#多位点序列分型

本文介绍了MLST方法在细菌分型中的应用，通过PubMLST网站获取管家基因信息，进行序列比对，确定菌株的序列型（ST），并利用ST进行相关性分析，包括BLAST比对和系统发育树构建。提供了一个具体示例——鲍曼不动杆菌的分型步骤。

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多位点序列分型(Multilocus sequence typing, MLST)[1]是近年来针对细菌分型发展很快的一种分子生物学分析方法，具有很高的分辨力，既适用于分子流行病学研究，也可用于分子进化学的研究。该方法被广泛应用于病原菌、环境菌和真核生物中。

MLST主要是基于测定核苷酸序列的一种细菌分型方法，通过PCR扩增6~10个管家基因内部400~600bp的核苷酸序列，每个位点的序列根据其发现的时间顺序赋予一个等位基因编号，每一株菌的等位基因编号按照指定的顺序排列就是它的等位基因谱，也即是这株菌的序列型(sequence type, ST)，每个ST均代表一组单独的核苷酸序列信息。通过比较ST可以发现菌株的相关性,即密切相关菌株具有相同的ST或仅有极个别基因位点不同的ST，而不相关菌株的ST至少有3个或3个以上基因位点不同。

关于如何获得目标菌株的ST型呢？接下来就教大家如何使用相关工具获得相应菌株的ST型，以便后续的分析和研究。

01选择目标菌株，获取目的基因

以鲍曼不动杆菌[2](Acinetobacter baumannii )为例。02管家基因和相应引物设计方案的确定

对于数据库中已有相关方案的菌株，直接通过网站获取相应管家基因和引物设计方案[3](https://www.ncbi.nlm.nih.gov/或http://pubmlst.org/)；选择鲍曼不动杆菌 (https://pubmlst.org/abaumannii/info/primers_Pasteur.shtml)。

03通过PCR扩增目标菌株的各管家基因序列

整理序列为.txt格式，提交网站(https://pubmlst.org/bigsdb?db=pubmlst_abaumannii_pasteur_seqdef&set_id=2&page=sequenceQuery)进行序列比对，获得每个管家基因的等位基因编号。

04整理相关数据

获得目标菌株的ST型，就可以进行下一步的分析，如BLAST比对和MEGA构建系统发育树分析。

05参考文献

[1]. Maiden MC, Bygraves JA, Feil E, et al. Multilocus sequence typing: a portable approach to the identification of clones within populations of pathogenic microorganisms. Proc Natl Acad Sci U S A. 1998;95(6):3140-3145. doi:10.1073/pnas.95.6.3140

[2].Castillo-Ramírez S, Graña-Miraglia L. Inaccurate Multilocus Sequence Typing of Acinetobacter baumannii. Emerg Infect Dis. 2019;25(1):186-187. doi:10.3201/eid2501.180374

[3].Jolley, K.A., Maiden, M.C. BIGSdb: Scalable analysis of bacterial genome variation at the population level. BMC Bioinformatics 11, 595 (2010). https://doi.org/10.1186/1471-2105-11-595

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