提取出一个组装基因组的gap（N）和重复序列区域，保存为bed格式

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本文介绍如何从FASTA文件中提取基因组的非测序位置（gap，N）和重复序列区域，并将其转换为BED格式。通过提供的一条Perl命令，可以实现对这些特殊区域的规范化处理。

摘要生成于 C知道 ，由 DeepSeek-R1 满血版支持， 前往体验 >

参见：

Question: How to extract all non-seqenced positions from a genome (Fasta file)?

 

test.fa

>chr1
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNtaaattgttt
taaattgtttctgtttgcagttgacatgatctNNNNNatagaaaacacca
ataactctgccaaaaaatttagaattcataaatgaatttagtaaagttgc
>chr2
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2020.11.3【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第二章 序列数据的获取 下）
11-03 1468
2.7 基因组浏览器 三个主流基因组浏览器：Ensemble、UCSC和NCBI 基因组组装 定义： 所获得的一个物种DNA序列按照染色体的形式进行的一种组装。 内容： 对基因组的注释，如起止位点、外显子、DNA重复元件或其他基因组特征。 基因组参照联盟（GRC） 维护人类、小鼠和斑马鱼的参考基因组。 对基因组组装需要明确几点： 每个染色体的起止位置是什么 基因组序列中包括多少gap区域，能否被弥补？ 基因组上的结构变异位点如何
bam获取序列_如何从BAM文件中提取fastq
weixin_39722196的博客
12-20 2450
虽然高通量测序分析最常用的操作是将fastq比对到参考基因组得到BAM文件，但偶尔我们也需要提取BAM文件中特定区域中fastq。最开始我认为这是一个非常简单的操作，因为samtools其实已经提供了相应的工具samtools fastq.以biostar handbook的Ebola病毒数据为例，首先获取比对得到的BAM文件。# 建立文件夹mkdir -p refs# 根据Accession下载...
基因组组装（assembly）
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Genome assembly
基因组测序模拟
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06-05 3943
基因组测序模拟 一、摘要 通过熟悉已有的基因组测序模拟和评估程序，加深全基因组鸟枪法测序原理的理解，并且能够编写程序模拟全基因组鸟枪法测序，理解覆盖度、测序深度、拷贝数等概念，设置测序相关参数，生成单端/双端测序结果文件 二、材料和方法 1、硬件平台 处理器:Intel（R） Core（TM）i7-4710MQ CPU @ 2.50GHz 安装内存(RAM)：16.0GB ...
如何找到基因组中的模糊碱基
leroylee7的博客
10-27 714
之前的我发现基因组不仅存在ATCG和表示Gap的N，还有一些模糊序列，用来表示两种或两种以上的碱基。 对于这些序列，我有以下几个问题： 这些非ATCG的序列在基因组的哪些位置？ 这些非ATCG的序列长度分别是多少？ 基因组上存在多少个gap序列？ 解决这个问题通常有以下两个思路： 通过检索，找到能够回答以上问题的工具 自己编写脚本，写一段代码进行分析。 而这里，我会用一个大家都想不到的工具来解答这些问题，这个工具就是我们经常用...
使用linux批量引物设计,对组装结果中GAP左右批量设计引物
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#!/usr/bin/perl -wuse strict;use Cwd qw(abs_path getcwd);use Getopt::Long;use Data::Dumper;use FindBin qw($Bin $Script);use File::Basename qw(basename dirname);use Bio::SeqIO;my $BEGIN_TIME=time();my ...
用Hifiasm组装基因组：（四）用Hifiasm软件组装基因组的操作
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06-21 3902
要检查Ho_coverage值是否接近k-mer plot中确定的纯和峰值Ho_peak值，如果不接近（比如更接近He_peak值）那表明hifiasm错误地确定了纯合子覆盖度值，此时组装的基因组要么太大，要么太小。log文件会先打印一个k-mer plot，如果指定了Hi-C数据，还会再接着打印几轮校正（round 1，2，3，finally）的k-mer plot。对于输出的每个图（graph），Hifiasm也会输出一个简化版本（xx_nnoseq_xx.gfa），这个版本没有易于可视化的序列。
外显子和基因组基本概念(二)
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悟道西方
08-05 924
最后，全基因组关联研究（GWAS）中复杂性状相关变异的C-scores 显著高于匹配的对照，并与研究样本量相关，这可能反映了更大的GWAS准确性的提高。CIGAR以参考序列为基础，使用数字加字母表示比对结果，M：MATCH，I：INSERTION，D：DELETION，N：skipped bases on the reference，S：SOFT CLIPING，H：HARD CLIPING，P：PADDING。原因是：多个样本的VCF文件进行合并时必须区分./.和0/0（./.是未检出的基因型）。
生信概念整理
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如何使用MEGA软件构建系统发育树_速成实用经验
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本人在读研究生，方向环境微生物。之前在学习生物信息分析过程中在网络上四处奔走获取相关学习资料与解决问题，好生麻烦。于是，我就把与同学一起做的一些生物信息分析相关教程与经验总结搬运到这个优快云这个大平台上来，希望能够与大家一起学习讨论。班门弄斧，大神见文多指教，抱拳抱拳抱拳抱拳！ 本文主要介绍了使用MEGA7软件为获取的未知基因序列构建系统发育树，并从中获取基因序列的种属信息。 工欲善其事，必先利其器。我想，介绍构建系统发育树之前有必要介绍一下建树过程中用到的主要工具与关键词定义。 什么是MEGA？
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提取参考基因组某个位置的碱基
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