生信分析进阶8 - 提取hg19/hg38参考基因组着丝粒和端粒区域（灰区）bed

最新推荐文章于 2024-12-18 17:02:38 发布
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分类专栏： 生信分析项目进阶技能合集 文章标签： python 数据分析 数据挖掘
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对hg19/hg38参考基因组着丝粒区域、端粒区域、微卫星重复区域和异常比对区域等进行统计，输出bed文件。

1. 解析black list文件

以解析hg19 bed文件为例，将每个结果单独保存为tsv文本文件，hg38 bed只包含染色体+开始坐标+结果坐标。

import pandas as pd
import os
df_blacklists = pd.read_csv("hg19.blacklist.encode.bed", sep='\t', 
				names=
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