Hmmer安装与使用

最新推荐文章于 2024-03-08 23:52:37 发布

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文章标签：数据库操作系统 java

本文介绍了Hmmer在蛋白质序列搜索中的优势，并提供了Mac OS/X, Linux, UNIX和Windows系统的安装方法。通过示例演示了如何使用phmmer、jackhmmer、hmmbuild等工具进行序列搜索、模型构建和数据库检索。同时，讲解了如何构建和搜索HMM数据库，以及hmmscan的使用方法。" 138336200,11374891,肥胖风险预测：随机森林与Xgboost的应用,"['机器学习', '数据预处理', '分类模型', '随机森林', 'XGBoost']

Hmmer的安装与使用

从功能基因研究的角度来讲，相关的搜索，比如从序列数据库中，找同源的序列，或者对一个对一个新的基因功能进行鉴定，使用hmmer比使用blast有着更高的灵敏度已经更高的搜索速度，但其应用还远没有blast普及。

hmmer下载与安装

对于Mac OS/X, Linux, UNIX系统，用源代码编译安装：

   % wget ftp://selab.janelia.org/pub/software/hmmer3/3.0/hmmer-3.0.tar.gz
   % tar zxf hmmer-3.0.tar.gz
   % cd hmmer-3.0
   % ./configure
   % make
   % make check

windows系统，直接下载二进制压缩包，解压