eQTL | Expression quantitative trait loci

最新推荐文章于 2024-11-27 16:50:49 发布
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本文介绍了表达数量性状位点(eQTLs)，它们是基因组中能够解释mRNA表达水平变化的位点。此外，还探讨了数量性状位点(QTL)，即与连续性状如身高相关的DNA区域。

Expression quantitative trait loci (eQTLs) are genomic loci that explain all or a fraction of variation in expression levels of mRNAs.

基因组位点，解释了基因表达的变化。

 

A quantitative trait locus (QTL) is a section of DNA (the locus) which correlates with variation in a phenotype (the quantitative trait).

身高，连续性状的控制位点。

 

eQTL分析-1（表型数据处理）
沉香best的博客
09-30 1177
eQTL分析是基因组学研究中的一种方法，用于识别影响基因表达的遗传变异，从而揭示基因调控的遗传基础。1. **基因表达数据的获取**：通过高通量测序技术（如RNA-seq）或微阵列技术，获得个体或样本的基因表达数据。2. **遗传变异数据的获取**：通过全基因组关联研究（GWAS）或测序，获得个体或样本的遗传变异数据。3. **统计分析**：利用统计学方法，分析基因表达水平与遗传变异之间的关联。4. **eQTL定位**：识别出与特定基因表达水平显著相关的遗传变异位点。
eQTL:连接突变与基因表达的桥梁
庐州月光的博客
12-08 6482
欢迎关注”生信修炼手册”!在高等生物中，很多的重要性状都为数量形状，比如农作物的产量，人类复杂疾病（高血液，糖尿病)等等。对于这些数量性状而言，往往受到多个基因的调控作用。为了更好的开展...
eQTL | Expression quantitative trait loci | 表达数量性状基因座 | QTL | 数量性状位点
weixin_30478757的博客
04-30 3932
到底什么是eQTL？ eQTL和QTL之间有什么联系？为什么说QTL比eQTL难很多？ QTL和GWAS有什么关系？ GTEx数据库里的eQTL数据如何利用？ 说eQTL之前必须先解释QTL，QTL，一说到中文名就清楚了，数量性状位点，就是一个性状，比如身高，会由成百上千个基因来决定，目的简单明确，那么我们如何找到这些位点呢？ Quantitative Trait Locus (Q...
eQTL是什么？
watermel__的博客
05-20 8283
表达数量位置的基因座，它指的是染色体上一些能特定调控mRNA和蛋白表达水平的区域，其mRNA/蛋白质的表达水平量与数量性状成比例关系。定义：对于多个个体在全基因组范围的遗传变异多态性（SNP）进行检测，获得基因型，将基因型与表型进行统计学分析，根据显著性等关系筛选出最有可能影响该性状的遗传变异，目的是通过这种方法找出与变异相关的基因。eQTL分析的本质是以全部的DNA变异位点为自变量，轮流以每种mRNA表达量为因变量，用大量的个体数据做样本进行线性回归，得到每一个SNP位点和每一个mRNA表达量间的关系。
eQTL
an05423833476591的博客
08-11 860
首先QTL是数量性状位点，比如身高是一个数量性状，其对应的控制基因的位点就是一个数量性状位点，而eQTL就是控制数量性状表达位点，即能控制数量性状基因（如身高基因）表达水平高低的那些基因的位点。 数量性状基因座：控制数量性状的基因在基因组中的位置称数量性状基因座。常利用DNA分子标记技术对这些区域进行定位，与连续变化的数量性状表型有密切关系 表达数量性状基因座（expressi...
eQTL文章
weixin_43981644的博客
01-10 266
https://www.jianshu.com/p/2e1e9d3ccd63
Science | 单细胞 eQTL 定位可识别自身免疫性疾病的细胞类型特异性遗传调控
组学之心，专注多组学/ 医学AI 领域
07-29 1658
基因表达在免疫细胞中的个体差异既是免疫相关疾病易感性的原因，也是其结果。研究发现多种遗传变异影响免疫调节和疾病发展。然而，由于循环免疫群体的复杂性，这些变异的作用机制难以解析。通过结合转录谱和遗传变异，可以识别基因表达的调控因子，尤其是全基因组关联研究（GWAS）中与常见免疫疾病相关的调控区变异。有研究表明，这些变异多通过改变基因表达而非直接影响蛋白质功能发挥作用。利用bulk RNA测序与遗传信息结合，发现了表达数量性状位点（eQTL），其中很多是组织特异性的，但难以揭示单细胞间的基因表达异质性。
eqtl
最新发布
03-08
Expression Quantitative Trait Loci (eQTL) analysis is crucial for understanding how genetic variation influences gene expression levels. Various bioinformatics tools and resources are available to ...
Science2014一篇关于eQTL的算法描述
08-25
表达数量性状位点（eQTL, expression Quantitative Trait Loci）是一种遗传学研究领域的重要工具，它通过分析基因表达水平变异与基因组变异之间的关联来揭示遗传变异对基因表达的影响。本文档涉及的研究主要关注了...
eQTL-Catalogue-resources
05-13
**eQTL-Catalogue-resources** 是一个专门的资源库，它汇集了关于表达型定量关联位点（expression quantitative trait loci，eQTL）的各类数据和信息。eQTL 是一种遗传学概念，指的是在基因组中特定的位置上发现的单...
eqtl-intro:eQTL分析入门课程
06-16
eQTL分析简介 该存储库包含介绍性 eQTL 分析课程的材料。 Docker 镜像 泊坞窗目录包含Dockerfile和数据需要建立一个包含练习的所有必要组件的码头工人形象，这门课程的组成部分。 生成的 Docker 映像可从。 docker pull humburg/eqtl-intro将拉取最新版本的镜像。 安装 Docker 使用这个镜像需要一个有效的 Docker 安装。 、 、 和许多安装说明可通过 Docker。 使用 Docker 镜像 docker 镜像包含和并允许使用 RStudio IDE 和 R 控制台。 要使用 IDE，请使用以下命令启动 Docker 容器 docker run -p 8787:8787 humburg/eqtl-intro 然后，通过访问端口 8787 上的 docker 主机，可以通过 Web 浏览器访问 RStudio。在 Linu
表达数量性状位点（eQTL）的概念及其相关分析原理
weixin_38097914的博客
03-30 2247
第三个是基因型数据，同样地，除开第一列，其它列都代表不同的样本，每一行代表的是不同的基因型（SNP），一般基因型数据用0，1，2这三个数字编码，代表的是效应等位基因剂量。这里gene1（因变量）一般就是一个基因的表达量，snp1（自变量）就是一个SNP的基因型，两者拟合，矫正相关干扰项（如sex和age等），error_term是指回归模型的误差项。第二个是基因表达量信息，同样地，除开第一列，其它列都代表不同的样本，每一行代表的是不同的基因（一般来说基因表达数据需要先进行标准化转换）。
eQTL共定位分析
hgz2020的博客
11-27 2369
eQTL
eQTL资料阅读（一）
sinat_40922336的博客
05-24 4665
文章目录Expression quantitative trait loci: present and future1、简介2、Cis- trans-区别：eQTL原理及程序介绍ppt1、cis-和trans-区别2、ppt介绍内容What eQTL areHow linear models can be used to find themComplications that arise and possible approaches to deal with themHow to carry out la
ncRNA-eQTL:eQTL与ncRNA的碰撞
庐州月光的博客
12-11 838
欢迎关注”生信修炼手册”!ncRNA-eQTL数据库专注于研究不同肿瘤中调控ncRNA表达量的eQTL, 通过TCGA数据库获取不同肿瘤中的SNP分型信息，以及lncRNA和miRNA的...
eQTL hotspot : eQTL热点区域
庐州月光的博客
12-16 2407
欢迎关注”生信修炼手册”!众所周知，eQTL分为了cis-eQTL和trans-eQTL两种作用方式，cis模式下只能调控临近的基因，而trans模式突破了距离限制，在该模式下一个eQT...
R代码学习：LRT似然比检验和eQTL分析
2301_79584199的博客
04-14 2283
lrt似然比检验和eQTL表达数量性状位点分析的r代码分享
六、肿瘤RNA突变的全组学研究-肿瘤基因调控（Genomic basis for RNA alterations in cancer）
dr_yingli的博客
02-22 1012
原文链接 一、基因表达相关的生殖细胞/体细胞突变 a. 根据基因型-组织表达项目（Genotype-Tissue Expression，GTEx）及表达定量性状遗传位点项目（expression quantitative trait loci，eQTL）的富集分析结果 b. 突变类型主成分分析 c. TEKT5相关基因突变分析显示，主要与该基因启动子共价修饰（Bivalent promoter）导...
值得借鉴的eQTL可视化形式
庐州月光的博客
12-15 3777
欢迎关注”生信修炼手册”!eQTL的分析结果本质就是一些调控基因表达的SNP位点，在结果展示时，最经典的可视化方式如下按照SNP分型结果对样本进行分组，用箱体图或者小提琴图的方式展示不同...
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