tophat的使用及参数介绍

最新推荐文章于 2024-11-21 07:00:00 发布

转载最新推荐文章于 2024-11-21 07:00:00 发布 · 1.4k 阅读

0 ·

CC 4.0 BY-SA版权

原文链接：http://www.cnblogs.com/junjun-saber/p/9960220.html

文章标签：

#python #matlab

本文档提供了从特定来源转载的内容链接，但未直接包含博客的具体信息。因此，摘要无法提供详细的博客关键信息。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

http://blog.sciencenet.cn/blog-1509670-847277.html

转载于:https://www.cnblogs.com/junjun-saber/p/9960220.html

确定要放弃本次机会？

福利倒计时

: :

立减 ¥

普通VIP年卡可用

立即使用

weixin_33766168

关注关注

0
点赞
踩
0

收藏

觉得还不错? 一键收藏
0
评论
分享

复制链接

分享到 QQ

分享到新浪微博

扫一扫
举报

举报

tophat 原理_使用TopHat分析RNA-Seq结果

weixin_34358799的博客

12-24

1375

TopHat是一个基于Bowtie的RNA-Seq数据分析工具。它可以快速确认exon-exon剪切拼接事件。TopHat有Linux和OS X x86_64编译版本，当然也可以使用原代码编译适合自己操作系统的版本。其上游软件是Bowtie，下游是Cufflinks。理论上，TopHat是针对Illumina Genome Analyzer而设计的软件，它偶尔也能对其它来源的数据进行分析，但不保证...

基于Matlab图像处理之TopHat形态学小目标识别

Q1744828575的博客

05-29

963

一、项目背景与意义在图像处理和目标识别领域，小目标的检测与识别一直是一个具有挑战性的任务。由于小目标在图像中所占的像素比例较小，且常常受到噪声、背景等复杂因素的干扰，传统的目标识别方法往往难以取得理想的效果。TopHat形态学算法作为一种有效的图像处理技术，在突出小目标特征、抑制背景噪声方面表现出色，因此被广泛应用于小目标识别领域。本项目旨在利用Matlab图像处理工具箱，结合TopHat形态学算法，实现对图像中小目标的准确识别。二、TopHat形态学算法原理。

参与评论您还未登录，请先登录后发表或查看评论

tophat 原理_TopHat的使用以及输出文件

weixin_32817047的博客

12-24

730

chrom(test_chromosome): The name of the chromosome.这里就是test_chromosomechromStart(177): The starting position of the feature in thechromosome or scaffold. The first base in a chromosome is numbered0.ch...

生物信息学习——tophat使用手册

ganges_zs的博客

03-05

1万+

用法: tophat [options]* [reads1_2,...readsN_2] 参数：

转录组分析工具tophat之完全手册

SHMILYRINGPULL的专栏

12-30

1万+

转载自：第20121105期集结号-转录组分析工具tophat之完全手册 TopHat是将RNA-Seq数据允许gap的回贴回参考基因组上！是转录组分析的必备工具之一！此帖的内容涵盖了tophat的介绍，安装、使用、异常处理等，是tophat使用的完全手册! 1,介绍转录组数据分析之tophat篇 http://seq.cn/1650-79 TopHa

tophat-fusion介绍使用

02-08

tophat-fusion介绍使用，详细讲解了tophat，bowtie，tophat-fusion，cufflink软件，以及RNA-seq的使用过程

OpenCV-Python图形图像处理：利用TopHat顶帽获取背景色中的噪点.rar

09-16

这个函数接受四个主要参数：输入图像、操作类型（在这个案例中是`cv2.MORPH_TOPHAT`）、结构元素和迭代次数。结构元素通常是一个形状（如矩形、椭圆或十字），它定义了在计算差分时要考虑的邻域大小。对于背景噪声的...

使用Tophat+cufflinks分析差异表达

weixin_30326741的博客

11-09

1827

使用Tophat+cufflinks分析差异表达 2017-06-15 19:09:43 522 0 0 使用TopHat+Cufflinks的流程图序列的比对是RNA分析流程中核心的一步。序列的比对，或者说是字符串的比对本身就是计算机科学中的一个经典问题，在生物信...

【Halcon】dual_rank gray_tophat dyn_threshold

11-21

845

在Halcon中，dual_rank函数是一种图像处理技术，它基于图像的灰度级排序来增强或提取特定的图像特征。这个函数通过对图像像素的灰度值进行排序，并基于排序结果生成新的图像，从而帮助区分图像中的不同区域或对象。

用tophat 将clear reads mapping 到植物基因组上

biolxy的博客

07-07

1082

nohup /home/lixiangyong/software/tophat/tophat -p 16 -G /data/plant_genome/Lj3.0/Lj3.0_gene.gtf -o tophat_output /data/plant_genome/Lj3.0/Lj3.0_genome \*_1/R_R1.fastq_filtered_trimmed \*_2/R_R2.fas

tophat程序

02-26

顶帽变换部分程序，顶帽变换通俗的讲就是原图减去开运算（先腐蚀，后膨胀，去白变黑）后的结果。而底帽运算闭运算（先膨胀，再腐蚀，去黑变白）减去原图的结果

tophat变换matlab代码

02-27

tophat变换实例.有原图和处理后的结果图.供参考.matlab代码.

形态学Top-Hat 操作

Gone_HuiLin的博客

11-18

6273

#include #include #include #include int main() { cv::Mat srcImage = cv::imread("19.jpg"); if (!srcImage.data) return 1; cv::Mat srcGray; cv::cvtColor(srcImage, srcGray, CV_RGB2GRAY); // 定义结

tophat安装

03-19

691

1 依赖软件：bowtie，bowtie2，samtools，boost c++ library 2 建立索引文件： bowtie包括bowtie，bowtie-build，bowtie-inspect bowtie2包括bowtie2，bowtie2-build，bowtie2-inspect，默认会找bowtie2 bowtie-buil...

linux分析rna-seq,RNA-seq数据分析（一）——Tophat篇

weixin_39649660的博客

05-13

894

引言RNA-Seq技术的产生大大推动了转录组学的研究范围和规模，然而面对RNA-seq惊人的数据量，刚入门的新手难免感觉有些无所适从。因此如何对RNA-seq数据进行分析，挖掘其中蕴含的宝贵信息，可以说是RNA-seq分析中的重中之重。分析RNA-seq的软件众多，但没有哪个软件是万能的。研究人员可以根据自己的研究对象和目标，制定不同的分析策略。RNA-seq数据分析主要分为三部曲：比对——转录组...

tophat 原理_Tophat2比对原理及命令

weixin_36095188的博客

12-24

2114

Tophat2比对原理及命令2018-09-18相对速度快并且占用内存小的TopHat在RNA-Seq中常常用于跨内含子比对，这里我们来关注一下TopHat2，TopHat2的安装是依赖Bowtie2的(当然Bowtie1也是可行的)，TopHat2适合于75bp以上Read的比对。TopHat2是一个多步骤比对的程序，如果基因组的注释文件存在的话，那么它会先将Read比对到转录组上。这就大大提高...

tophat

weixin_34250434的博客

11-14

215

官网： http://ccb.jhu.edu/software/tophat/manual.shtml 转载于:https://www.cnblogs.com/junjun-saber/p/9960561.html

OpenCV-顶帽运算（TOPHAT）