tophat的使用及参数介绍

最新推荐文章于 2024-11-21 07:00:00 发布
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原文链接：http://www.cnblogs.com/junjun-saber/p/9960220.html
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tophat 原理_使用TopHat分析RNA-Seq结果
weixin_34358799的博客
12-24 1375
TopHat是一个基于Bowtie的RNA-Seq数据分析工具。它可以快速确认exon-exon剪切拼接事件。TopHat有Linux和OS X x86_64编译版本，当然也可以使用原代码编译适合自己操作系统的版本。其上游软件是Bowtie，下游是Cufflinks。理论上，TopHat是针对Illumina Genome Analyzer而设计的软件，它偶尔也能对其它来源的数据进行分析，但不保证...
基于Matlab图像处理之TopHat形态学小目标识别
Q1744828575的博客
05-29 963
一、项目背景与意义在图像处理和目标识别领域，小目标的检测与识别一直是一个具有挑战性的任务。由于小目标在图像中所占的像素比例较小，且常常受到噪声、背景等复杂因素的干扰，传统的目标识别方法往往难以取得理想的效果。TopHat形态学算法作为一种有效的图像处理技术，在突出小目标特征、抑制背景噪声方面表现出色，因此被广泛应用于小目标识别领域。本项目旨在利用Matlab图像处理工具箱，结合TopHat形态学算法，实现对图像中小目标的准确识别。二、TopHat形态学算法原理。
tophat 原理_TopHat的使用以及输出文件
weixin_32817047的博客
12-24 730
chrom(test_chromosome): The name of the chromosome.这里就是test_chromosomechromStart(177): The starting position of the feature in thechromosome or scaffold. The first base in a chromosome is numbered0.ch...
生物信息学习——tophat使用手册
ganges_zs的博客
03-05 1万+
用法: tophat [options]* [reads1_2,...readsN_2] 参数：
转录组分析工具tophat之完全手册
SHMILYRINGPULL的专栏
12-30 1万+
转载自：第20121105期集结号-转录组分析工具tophat之完全手册 TopHat是将RNA-Seq数据允许gap的回贴回参考基因组上！是转录组分析的必备工具之一！ 此帖的内容涵盖了tophat的介绍，安装、使用、异常处理等，是tophat使用的完全手册! 1,介绍 转录组数据分析之tophat篇 http://seq.cn/1650-79 TopHa
tophat-fusion介绍使用
02-08
tophat-fusion介绍使用，详细讲解了tophat，bowtie，tophat-fusion，cufflink软件，以及RNA-seq的使用过程
OpenCV-Python图形图像处理：利用TopHat顶帽获取背景色中的噪点.rar
09-16
这个函数接受四个主要参数：输入图像、操作类型（在这个案例中是`cv2.MORPH_TOPHAT`）、结构元素和迭代次数。结构元素通常是一个形状（如矩形、椭圆或十字），它定义了在计算差分时要考虑的邻域大小。对于背景噪声的...
使用Tophat+cufflinks分析差异表达
weixin_30326741的博客
11-09 1827
使用Tophat+cufflinks分析差异表达 2017-06-15 19:09:43 522 0 0 使用TopHat+Cufflinks的流程图 序列的比对是RNA分析流程中核心的一步。序列的比对，或者说是字符串的比对本身就是计算机科学中的一个经典问题，在生物信...
【Halcon】dual_rank gray_tophat dyn_threshold
T
11-21 842
在Halcon中，dual_rank函数是一种图像处理技术，它基于图像的灰度级排序来增强或提取特定的图像特征。这个函数通过对图像像素的灰度值进行排序，并基于排序结果生成新的图像，从而帮助区分图像中的不同区域或对象。
用tophat 将clear reads mapping 到植物基因组上
biolxy的博客
07-07 1082
nohup /home/lixiangyong/software/tophat/tophat -p 16 -G /data/plant_genome/Lj3.0/Lj3.0_gene.gtf -o tophat_output /data/plant_genome/Lj3.0/Lj3.0_genome \*_1/R_R1.fastq_filtered_trimmed \*_2/R_R2.fas
tophat程序
02-26
顶帽变换部分程序，顶帽变换通俗的讲就是原图减去开运算（先腐蚀，后膨胀，去白变黑）后的结果。而底帽运算闭运算（先膨胀，再腐蚀，去黑变白）减去原图的结果
tophat变换matlab代码
02-27
tophat变换实例.有原图和处理后的结果图.供参考.matlab代码.
形态学Top-Hat 操作
Gone_HuiLin的博客
11-18 6273
#include #include #include #include int main() { cv::Mat srcImage = cv::imread("19.jpg"); if (!srcImage.data) return 1; cv::Mat srcGray; cv::cvtColor(srcImage, srcGray, CV_RGB2GRAY); // 定义结
tophat安装
03-19 691
1 依赖软件：bowtie，bowtie2，samtools，boost c++ library 2 建立索引文件： bowtie包括bowtie，bowtie-build，bowtie-inspect bowtie2包括bowtie2，bowtie2-build，bowtie2-inspect，默认会找bowtie2 bowtie-buil...
linux分析rna-seq,RNA-seq数据分析（一）——Tophat篇
weixin_39649660的博客
05-13 894
引言RNA-Seq技术的产生大大推动了转录组学的研究范围和规模，然而面对RNA-seq惊人的数据量，刚入门的新手难免感觉有些无所适从。因此如何对RNA-seq数据进行分析，挖掘其中蕴含的宝贵信息，可以说是RNA-seq分析中的重中之重。分析RNA-seq的软件众多，但没有哪个软件是万能的。研究人员可以根据自己的研究对象和目标，制定不同的分析策略。RNA-seq数据分析主要分为三部曲：比对——转录组...
tophat 原理_Tophat2比对原理及命令
weixin_36095188的博客
12-24 2114
Tophat2比对原理及命令2018-09-18相对速度快并且占用内存小的TopHat在RNA-Seq中常常用于跨内含子比对，这里我们来关注一下TopHat2，TopHat2的安装是依赖Bowtie2的(当然Bowtie1也是可行的)，TopHat2适合于75bp以上Read的比对。TopHat2是一个多步骤比对的程序，如果基因组的注释文件存在的话，那么它会先将Read比对到转录组上。这就大大提高...
tophat
weixin_34250434的博客
11-14 215
官网： http://ccb.jhu.edu/software/tophat/manual.shtml 转载于:https://www.cnblogs.com/junjun-saber/p/9960561.html
OpenCV-顶帽运算（TOPHAT）
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顶帽运算：原图减开运算图
图像形态学处理——灰度Top-Hat操作（Matlab）
lengo的专栏
09-05 6938
clc; clear all; close all; %Top-Hat测试图像 I=im2double(imread('D:\Gray Files\9-40.tif')); %=========================灰度Top-Hat操作================================== %半径为40的磁盘（disk）结构元素 r=40; ...
top hat matlab
最新发布
02-28
### Top Hat 变换在 MATLAB 中的使用方法 Top Hat 变换是一种形态学操作，用于图像处理中的背景校正和平滑滤波。该变换可以分为两种形式：白顶帽（White Top-Hat）和黑底帽（Black Bottom-Hat）。这两种变换分别通过结构元素与输入图像之间的差异来增强局部特征。 #### 白顶帽变换 白顶帽变换定义为原始图像与其开运算结果之差： \[ \text{WTH}(A) = A - (A \ominus B) \] 其中 \( A \) 是输入灰度级或二值图像，\( B \) 表示结构化元素[^1]。 ```matlab % 创建一个测试图像并添加一些噪声 I = imread('coins.png'); se = strel('disk', 12); I_top_hat = imtophat(I, se); figure; subplot(1,2,1), imshow(I), title('Original Image'); subplot(1,2,2), imshow(I_top_hat), title('After White Top-Hat Transform'); ``` 此代码片段展示了如何应用 `imtophat` 函数执行白顶帽变换，并显示原图及其经过变换后的效果对比。 #### 黑底帽变换 相对应地，黑底帽变换则是闭合运算减去原始图像的结果： \[ \text{BTH}(A) = (A \oplus B) - A \] 同样地，在MATLAB中可以通过调用内置函数实现这一过程。 ```matlab I_bottom_hat = imbothat(I, se); figure; imshow(I_bottom_hat), title('After Black Bottom-Hat Transform'); ``` 上述例子说明了利用 `imbothat` 对同一张图片实施黑底帽变化的方法。 对于更复杂的场景，可以根据具体需求调整参数设置以及选择合适的结构元形状大小等属性以获得最佳的效果。
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