用tophat 将clear reads mapping 到植物基因组上

最新推荐文章于 2024-05-29 12:26:15 发布

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#生物信息 #转录组分析

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本文介绍了如何利用Tophat进行RNA-Seq数据的比对，并通过Cufflinks从比对结果中合成转录组数据。具体步骤包括使用Tophat比对reads到基因组并生成bam文件，再用Cufflinks根据bam文件构建转录组。

nohup /home/lixiangyong/software/tophat/tophat2 -p 8 -G /data/plant_genome/Lj3.0/Lj3.0_gene.gtf   -o tophat_output /data/plant_genome/Lj3.0/Lj3.0_genome  \*_1/R_R1.fastq_filtered_trimmed \*_2/R_R2.fastq_filtered_trimmed &

详情参见

http://blog.sciencenet.cn/u/nsaa001

结果会在tophat_output 文件夹里面生成 accept_hits.bam 文件

将mapping上的reads合成为转录组数据

nohup cufflinkss -g /data/plant_genome/Lj3.0/Lj3.0_gene.gtf -o cufflinks_sample -p 16 accepted_hits.bam &

会在cufflink_sample 中输出4个文件

genes.fpkm_tracking    isoforms.fpkm_tracking    skipped.gtf    transcripts.gtf

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http://blog.sciencenet.cn/blog-1509670-847277.html 转载于:https://www.cnblogs.com/junjun-saber/p/9960220.html

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4.NGS中的reads mapping 顾名思义，就是将测序的得到的DNA定位在基因组上。因为二代测序的得到的序列是较短的，reads mapping很好地解决了这个问题。本质上reads mapping是一个双序列比对问题，但和之前讲的NW和SW的不一样，后者适用于两者长度相差不大的。现在问题有几个特征： 1.reads和ref的长度有着跨数量级的差异，reads长度...

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