bioerl 获取gi号

最新推荐文章于 2023-04-26 18:26:46 发布

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本文介绍了一个使用BioPerl中的Bio::DB::EUtilities模块来批量获取多个蛋白质GI号的方法。通过设置相应的参数，如数据库类型为'protein'、返回类型为'gi'等，可以从NCBI检索并打印出指定蛋白质ID对应的GI号。

代码示例：

use Bio::DB::EUtilities;

my @ids = qw(CAB02640 EAS10332 YP_250808 NP_623143 P41007);

my $factory = Bio::DB::EUtilities->new(-eutil => 'efetch',
                                       -db      => 'protein',
                                       -id      => \@ids,
                                       -email   => 'mymail@foo.bar',
                                       -rettype => 'gi');

my @gis = split(m{\n},$factory->get_Response->content);

print join(',',@gis), "\n";