Fastq-dump: 一个神奇的软件

最新推荐文章于 2025-06-09 09:39:00 发布

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本文介绍了NCBI的fastq-dump软件在处理SRA数据时的使用方法，强调了参数的重要性和常见误区。对于双端测序数据，推荐使用参数进行拆分，并避免使用导致错误的参数。同时，文章提到了原始格式的保持和fasta输出的选择，以及过滤和输出方式的注意事项。

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现在可以用fasterq-dump, 速度更快，请阅读都8102年了，还用fastq-dump，快换fasterq-dump吧

做生信的基本上都跟NCBI-SRA打过交道,尤其是fastq-dump大家肯定不陌生.NCBI的fastq-dump软件一直被大家归为目前网上文档做的最差的软件之一",而我用默认参数到现在基本也没有出现过什么问题,感觉好像也没有啥问题, 直到今天看到如下内容, 并且用谷歌搜索的时候,才觉得大家对fastq-dump的评价非常很到位.