从fasta中提取或者过滤掉多个序列

最新推荐文章于 2024-07-23 19:04:01 发布

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原文链接：http://www.cnblogs.com/leezx/p/8619051.html

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#python

博客介绍了如何使用QIIME工具的filter_fasta.py脚本，从大量的fasta序列中快速筛选出指定序列，适用于处理大规模序列数据。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

Google了一下，现成的工具不多。

自己写代码也可以，就是速度肯定不快，而且每次写也很麻烦。

偶然看到QIIME的filter_fasta.py有这个功能，从name list中提取多个序列。

filter_fasta.py -f extract_no_N_200.fasta -o remain.fasta -s out.list

[REQUIRED]

-f, --input_fasta_fp
Path to the input fasta file
-o, --output_fasta_fp
The output fasta filepath
[OPTIONAL]

-m, --otu_map
An OTU map where sequences ids are those which should be retained.
-s, --seq_id_fp
A list of sequence identifiers (or tab-delimited lines with a seq identifier in the first field) which should be retained.
-b, --biom_fp
A biom file where otu identifiers should be retained.
-a, --subject_fasta_fp
A fasta file where the seq ids should be retained.
-p, --seq_id_prefix
Keep seqs where seq_id starts with this prefix.
--sample_id_fp