运行pindel注意事项

最新推荐文章于 2024-11-06 06:47:49 发布
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本文详细介绍了在配置文件中使用整数设置插入片段长度的方法，并解释了如何正确指定内核参数，确保代码的高效运行。

1、config文件里的插入片段长度用整数就可以

2、指定内核-T后面跟的数字一定要用空格隔开

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lumpy:基因组结构变异SV的检测
AnnyYoung的后花园
05-08 482
lumpy变异检测软件使用
BWA使用
Doris_xixi的博客
07-17 8872
全称：Burrows-Wheeler Aligner 参考： https://www.cnblogs.com/zkkaka/p/6146214.html http://mingkang1217.blog.163.com/blog/static/2035227201101254921398/ 官方文档： http://www.bbioo.com/lifesciences/40-113315...
PINDEL检测结构变异
hzau_yang的博客
06-12 4823
PINDEL检测结构变异输入： 1.配置文件 ： simulated_sample_1.bam 250 SAMPLE1 simulated_sample_2.bam 250 SAMPLE2 simulated_sample_3.bam 250 SAMPLE3 注：bam文件必须samtools index建立索引 pindel -i -f
【亲测免费】 Pindel：一款强大的基因组变异检测工具
gitblog_00625的博客
09-28 1299
Pindel：一款强大的基因组变异检测工具 项目介绍 Pindel是一款开源的基因组变异检测工具，主要用于识别基因组中的插入、缺失、复制数变异（CNV）以及结构变异（SV）。Pindel通过分析短读序列（short reads）来检测这些变异，特别适用于全基因组测序（WGS）和全外显子组测序（WES）数据。Pindel的设计初衷是为了提供一个高效、准确的工具，帮助研究人员在基因组水平上解析复杂的遗...
Pindel 开源项目使用教程
gitblog_00682的博客
09-28 517
Pindel 开源项目使用教程 1. 项目介绍 Pindel 是一个用于检测下一代测序数据中结构变异（如大范围删除、中等大小的插入、倒位、串联重复等）的工具。它使用模式增长方法来识别这些变异的断点，适用于配对末端短读数据。Pindel 能够以单碱基分辨率检测这些变异，是基因组研究中的重要工具。 2. 项目快速启动 2.1 环境准备 在开始之前，确保你的系统中已经安装了以下工具： GNU Make...
[原]基因组变异检测概述
weixin_30625691的博客
09-29 1189
考虑到cnblog不适合基因组领域这种类型的文章，进过多番折腾，终于用jekyll+github搭了个独立博客www.huangshujia.me，现在博客已经搬迁！ 首先，在开始之前我觉得有必要稍微科普缓冲一下，以便不使得不熟悉生物信息或基因组的客官们疑惑。O(∩_∩)O！ 1.基因组：每个人都有一个基因组，这里的“基因组”并不只是“基因”的集合，基因是控制性状的遗传单元（什么是...
变异检测
weixin_30824599的博客
05-23 564
一、Indel 　Pindel：跟其他Call Indel的软件不大一样，Pindel用的是一个叫pattern growth的算法来检测Indel以及其他的结构变异(所以才叫P-Indel的吧)，具体算法：http://gmt.genome.wustl.edu/packages/pindel/，引用次数还算可以，说明还是有一定优势的 samtools view LXZ_final.bam...
cgpPindel:基于Pindel的癌症基因组计划插入删除检测管线
03-31
cgpPindel cgpPindel包含了癌症基因组项目的工作流程 。 掌握 发展 该版本是Pindel v2.0的略微修改版本，具有CGP特定处理功能，可用于： 输入文件生成 从Pindel文本输出转换为： ... 完成后，请运行： ./s
cgpPindel:癌症基因组插入删除检测的高效管线
Docker是一个开放平台，用于开发、交付和运行应用程序。Singularity则是一个容器化平台，主要用在高性能计算领域。这表明cgpPindel可以轻松部署在各种计算环境中，尤其是在需要重复性和可移植性的场合。 5. 该工具...
生信PAV分析
07-21
#### **三、关键注意事项** 1. **准确性控制**： - 过滤低复杂度区域（使用RepeatMasker） - 设置覆盖度阈值（建议≥10×测序深度） - 结合多种工具验证（如CNVnator+Pindel） 2. **数据整合**： - 使用PAV本体...
生物信息学进阶：NGS分析与资源指南
生物信息学进阶学习资源涵盖了二代测序...这个资源文档为生物信息学从业者提供了全面的二代测序数据分析指南，包括工具选择、数据处理流程和实际应用中的关键注意事项，对于进一步提升生物信息学技能具有很高的价值。
FLT3_ITD分析
fanyucai1
01-15 3807
在约20%-30%的急性髓系白血病（acute myeloid leukemia,AML）患者中FLT3基因中外显子14和15存在内部串联重复（FLT3 in-tema]tandemduplication，FLT3-ITD） 突变插入的长度在15bp-300bp之间 使用pindel进行检测，限定的范围可设定为chr13:28608000-28608600（hg19）,最小支持的变异reads数目...
Pindel开源项目指南及常见问题解答
gitblog_00081的博客
11-06 905
Pindel开源项目指南及常见问题解答 项目基础介绍 Pindel是一个强大的生物信息学工具，专为检测下一代测序数据中的结构变异设计，如大范围删除、中等大小的插入、倒位、串联重复以及其他基于单碱基分辨率的变异。它采用了模式增长方法，有效地从配对端短读序列中识别这些变异的断点。Pindel项目是由Genome团队维护的，并遵循GPLv3.0许可协议。项目主要使用的编程语言是C++，并依赖于htsli...
二代测序call indel 总结
浩然正气
07-18 5331
自己也做一代测序，二代测序数据分析3年有余，但是从来没有认真整理过； 看到这边博文写的不错，就转载过来了，先对做技术总结的的人致敬； 原文：http://blog.sina.com.cn/s/blog_6d25c0920101d3fn.html Change logs: Version 1.0.0 2012/12/08: The initial version.   Indel Cal
【微信小程序源码】小程序官方Demo.zip
09-06
资源说明： 1：本资料仅用作交流学习参考，请切勿用于商业用途。 2：一套精品实用微信小程序源码资源，无论是入门练手还是项目复用都超实用，省去重复开发时间，让开发少走弯路！ 更多精品资源请访问 https://blog.youkuaiyun.com/ashyyyy/article/details/146464041
体育赛事摘要数据集构建与自然语言处理技术应用_基于人工标注的大规模体育赛事评论文本与新闻文本摘要数据集SGSum_提供高质量训练集验证集测试集用于学术研究支持文本摘要模型开发与评估.zip
最新发布
09-06
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bedrock-core-7.0.4.jar中文-英文对照文档.zip
09-06
1、压缩文件中包含： 中文-英文对照文档、jar包下载地址、Maven依赖、Gradle依赖、源代码下载地址。 2、使用方法： 解压最外层zip，再解压其中的zip包，双击 【index.html】 文件，即可用浏览器打开、进行查看。 3、特殊说明： （1）本文档为人性化翻译，精心制作，请放心使用； （2）只翻译了该翻译的内容，如：注释、说明、描述、用法讲解 等； （3）不该翻译的内容保持原样，如：类名、方法名、包名、类型、关键字、代码 等。 4、温馨提示： （1）为了防止解压后路径太长导致浏览器无法打开，推荐在解压时选择“解压到当前文件夹”（放心，自带文件夹，文件不会散落一地）； （2）有时，一套Java组件会有多个jar，所以在下载前，请仔细阅读本篇描述，以确保这就是你需要的文件。 5、本文件关键字： jar中文-英文对照文档.zip,java,jar包,Maven,第三方jar包,组件,开源组件,第三方组件,Gradle,中文API文档,手册,开发手册,使用手册,参考手册。
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