科研文献|中国的肠道微生物群及其与主食类型、民族和城市化的关系

中国的肠道微生物群及其与主食类型、民族和城市化的关系
Chinese gut microbiota and its associations with staple food type, ethnicity, and urbanization

研究介绍

肠道微生物群对人类健康和疾病影响重大。目前我国仍然缺乏全国性的中国肠道微生物群基线研究。肠道微生物群的失衡（即生态失调）与许多疾病有关，然而，将微生物群研究转化为临床实践仍然受到多重挑战的限制。我们对来自8 个民族、居住在28 个省的63个县/市的2678 名健康中国人的粪便样本进行了16S rRNA 基因测序。我们确定了四种肠型，其中三种富含普氏菌、拟杆菌和埃希氏菌，而第四个没有显性通过评估肠道微生物群与属于6个类别的20个变量之间的关联，地理、人口统计学、饮食、城市化、生活方式和采样月份，我们发现地理解释了最大的微生物群变异，并阐明了与主食关联的不同模式食物类型、种族和城市/农村居住地。

材料与方法

1. 采样：采集2678名来自中国不同区域的健康参与者的粪便样本
   
   2)测序：16S rRNA测序，引物314F_806R
   3）分析：
   ①　通过使用SEPP 算法将 ZOTU 代表序列插入到 99% Greengenes 13_8 参考树与 QIIME2 v2018.10 中构建系统发育树。
   ②　使用PICRUSt2 基于ZOTU 预测功能潜力，生成EC数和MetaCyc 通路丰度。
   ③　QIIME2 估计ZOTU、Faith’s PD、香农指数、Bray-Curtis