在线作图|2分钟在线绘制三维PCOA图

最新推荐文章于 2021-11-30 16:42:19 发布

原创

最新推荐文章于 2021-11-30 16:42:19 发布 · 3.5k 阅读

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本文介绍了如何在云图图平台上免费绘制三维PCoA图，无需使用R语言。步骤包括上传数据文件、设置参数、网页预览、下载图片以及后期处理。平台支持多种加权方法和自定义颜色，提供PDF格式的矢量图方便编辑。

三维PCoA

PCoA(Principal Co-ordinates Analysis)分析即主坐标分析，可呈现研究数据相似性或差异性的可视化坐标，是一种非约束性的数据降维分析方法，可用来研究样本群落组成的相似性或相异性。它与PCA类似，通过一系列的特征值和特征向量进行排序后，选择主要排在前几位的特征值，找到距离矩阵中最主要的坐标，结果是数据矩阵的一个旋转，它没有改变样本点之间的相互位置关系，只是改变了坐标系统。两者的区别为PCA是基于样本的相似系数矩阵(如欧式距离)来寻找主成分，而PCoA是基于距离矩阵(欧式距离以外的其他距离)来寻找主坐标。PCoA降维结果的可视化也可以用三维坐标表示，即三维PCoA图。
在这里插入图片描述
如何不使用R语言绘制三维PCoA

免费的云图图（www.cloudtutu.com）可以画！操作步骤如下：
①登录网址：www.cloudtutu.com（推荐使用360或者谷歌浏览器）
②输入用户名和密码（小编已经为大家填好了，如果不显示可添加文末二维码添加小编获取），输入验证码后即可登录；
③登录后在全部工具那一栏找到三维PCoA，点击进入；
④请按照界面右侧的说明书或者下文进行操作~

Step 01 上传文件

※目前平台仅支持.txt(制表符分隔)文本文件或者.csv文件的文件上传。(平台可对不规范的数据格式进行部分处理，但还是请您尽量按照示例数据的格式调整数据，以便机器可以识别)
a) 准备一个数据矩阵（如微生物物种丰度表、基因表达量矩阵、代谢物含量表，也可以是测量数据，例如身高、体重、表型等）；
b) 表格需要带表头和列名，每一列为样本名，每一行为各种指标数据名，例如OTU，基因ID、身高、代谢物名称等。