在线作图|你不知道的绘制带聚类树的堆叠柱状图的方法

Question1：什么是堆叠柱状图？
柱形图用来比较两个或多个的含量或者丰度（不同时间或者不同条件），只有一个变量，通常适用于于较小的数据集分析，堆叠柱形图是柱形图的变形，可以清晰地比较某一个维度数据中不同类型数据之间的差异，还可以十分清晰直观比较总数的差别，在统计和组学数据分析中运用广泛。比如，在微生物组成谱和宏基因组测序中，堆叠柱形图常常用来展示微生物物种的组成情况。

Question2：什么是带聚类树的堆叠柱状图？
在微生物群落分析中，带聚类树的堆叠柱状图是常见的可视化图形之一，它是聚类分析的树状图与堆叠柱状图的组合，不仅可以直观地反映样本所含不同元素的组成差异并比较总数的区别，同时还能显示样本或分组间的相似性。

Question3：如何不使用R绘制带聚类树的堆叠柱状图？
小编和他的小伙伴们开发了一个在线的作图小网站——云图图（https://www.cloudtutu.com/#/index，免费的哦~），操作步骤如下：
①登录网址：https://www.cloudtutu.com/#/index（推荐使用360或者谷歌浏览器）
②输入用户名和密码（小编已经为大家填好了，如果不显示可添加文末二维码添加小编获取），输入验证码后即可登录，无需注册，直接使用，不必担心隐私泄露，是不是诚意满满~
③登录后在工具一栏（全部分析）里找到带聚类树的堆叠柱状图，点击进入；
④请按照界面右侧的说明书或者下文进行操作，即可在2分钟内获得一张精美的带聚类树的堆叠柱状图~
话不多说，我们开始行动吧~

step 1 上传文件
※目前平台仅支持.txt(制表符分隔)文本文件或者.csv文件的文件上传。
平台可对不规范的数据格式进行部分处理，但还是请您尽量按照示例数据的格式调整数据，以便机器可以识别。
a)准备一个数据矩阵（形式参照示例数据，如微生物物种丰度表、基因表达量矩阵、代谢物含量表，也可以是测量数据，例如收入、重量、表型等）；
b)表格需要带表头和列名，每一列为样本名，每一行为各种指标数据名，例如OTU，基因ID、身高、代谢物名称等。
c)请提交txt(制表符分隔)文本文件或者.csv文件。操作方法为：全选excel中的所有内容（ctrl+A），复制到记事本中，将记事本文件另存后上传该文件。

step 2 参数设置
2.1在界面右侧编辑分组信息：需要对所有样品进行分组，本网站支持在线修改分组名称的功能。有在线输入(方式一)和手动粘贴(方式二)两种方式。(绘图前必须检查分组名称)

2.2 方法选择：本平台提供bray、jaccard、gower、altGower、manhattan、horn、chao等加权方法
2.3 绘图数量：选择绘图的元素数量，剩余元素合并成others展示

step 3 下载文件
点击“运行”开始作图，点击“下载”保存PDF格式的矢量图。PDF格式的文件可通过矢量图编辑工具进行编辑。

step 4 作图后处理
TUTU云平台提供的是PDF格式的矢量图，可通过矢量图处理软件进行编辑和调整（如：文字字体，文字大小，图片分辨率等）。图形处理软件和使用方法可扫描文后的二维码添加小编获取。

写作建议
XXXX was performed on Tutools platform (https://www.cloudtutu.com), a free online data analysis website.

尊敬的用户，如果图图云平台在您的科研中有幸提供了些许帮助，我们期望您能在方法学或者致谢中提及我们，引用方法如下：XXXX analysis was performed on Tutools platform (https://www.cloudtutu.com), a free online data analysis website. 目前平台还处于测试阶段，使用过程中有任何疑问或者报错欢迎随时联系小编反馈。您的反馈和建议是我们最大的动力~