Vertebrate and invertebrate

本文介绍了脊椎动物,包括哺乳动物、鸟类、鱼类、爬行动物和两栖动物,它们因拥有脊椎而区别于无脊椎动物如昆虫和蠕虫。人类作为脊椎动物的一个例子,被明确指出不属于无脊椎动物类别。同时,文章提到了一些关于物种保护和科学分类的细节。

Vertebrate - Humans are vertebrates

 noun  countable

/ˈvɜːrtɪbrət/

(specialist)

​any animal with a backbone, including all mammals, birds, fish, reptiles and amphibians

Without expansion , they could save around 2000 species of endangered land vertebrates.

Insects and worms are invertebrates.

countable          from in- ‘without’ + Latin vertebra (from vertere ‘to turn’).

(specialist)

​any animal with no backbone, for example a worm

Human beings aren't invertebrates.

See also:

https://everyday.bz/Posts/t26-Vertebrate

invertabrate · Everyday English

<think>我们之前讨论了植物RNA的FASTA示例,现在用户要求提供脊椎哺乳动物(vertebrate_mammalian)的典型RNA序列FASTA示例。 脊椎哺乳动物中,常见的RNA类型包括mRNA、microRNA、rRNA等。我们可以选择一个广泛研究的模型生物(如人类或小鼠)的典型RNA序列。 例如,人类的一个microRNA(如hsa-miR-21)或一个mRNA(如β-actin mRNA)都是很好的代表。 这里我们选择人类的一个microRNA序列,因为microRNA在哺乳动物中高度保守且功能重要。数据基于miRBase数据库(microRNA的权威数据库)中的真实序列。 示例序列:hsa-miR-21-5p(人类中一个广泛研究的microRNA,参与多种细胞过程,包括癌症[^1]) FASTA格式如下: ```fasta >hsa-miR-21-5p (Homo sapiens miR-21-5p) UAGCUUAUCAGACUGAUGUUGA ``` 解释: - 序列头行:`>hsa-miR-21-5p (Homo sapiens miR-21-5p)` - `hsa-miR-21-5p` 是序列标识符(hsa表示人类,miR-21-5p表示成熟miRNA-21的5'端产物)。 - 括号内为描述,说明这是智人(Homo sapiens)的miR-21-5p。 - 序列行:`UAGCUUAUCAGACUGAUGUUGA` - 这是miR-21-5p的成熟序列,长度为22个核苷酸。 注意:microRNA序列较短,通常在20-25个核苷酸。如果是mRNA,则序列很长,这里不展示长序列,但可以给出一个mRNA的FASTA头行示例和部分序列。 如果需要mRNA示例,我们可以用人类β-actin mRNA(ACTB基因)的部分序列(仅示意): ```fasta >NM_001101.5 Homo sapiens actin beta (ACTB), mRNA CGCAAAGACCTGTACGCCAACACAGTGCTGTCTGGTGGTCCACACCCGCCGAGCGGGAAATCGTGCGT GACATTAAGGAGAAGCTGTGCTACGTCGCCCTGGACTTCGAGCAAGAGATGGCCACGGCTGCTTC ...(后续序列省略,实际长度约1800 nt) ``` 对于脊椎哺乳动物,公共数据库资源包括: - **miRBase**:microRNA序列数据库(http://www.mirbase.org/)[^2] - **NCBI RefSeq**:mRNA参考序列数据库(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/refseq/)[^3] 如果需要特定类型的RNA(如rRNA或tRNA),也可以提供。 相关问题: 1. 如何从miRBase数据库下载哺乳动物microRNA的完整FASTA文件? 2. 在脊椎哺乳动物RNA序列分析中,常用哪些工具进行靶基因预测(如miRNA的靶基因)? 3. 如何将哺乳动物的长链RNA(如mRNA)序列分割成k-mer特征用于机器学习?</think>### 脊椎哺乳动物典型RNA的FASTA格式示例 脊椎哺乳动物(vertebrate_mammalian)RNA序列的FASTA格式遵循标准规范,以下是人类(*Homo sapiens*)中一个典型microRNA的FASTA示例,该序列来自miRBase数据库[^1]: ```fasta >hsa-miR-21-5p MIMAT0000076 Homo sapiens miR-21-5p UAGCUUAUCAGACUGAUGUUGA ``` **格式解析**: 1. **序列头行**(以`>`开头): - `hsa-miR-21-5p`:序列标识符(hsa=智人,miR-21=microRNA名称,5p=5'端成熟体) - `MIMAT0000076`:miRBase数据库唯一ID - `Homo sapiens`:物种名称(智人) - `miR-21-5p`:RNA类型描述 2. **序列行**: - `UAGCUUAUCAGACUGAUGUUGA`:22nt的成熟microRNA序列 - 使用标准RNA碱基符号: $A$(腺嘌呤)、$U$(尿嘧啶)、$C$(胞嘧啶)、$G$(鸟嘌呤) **生物学意义**: - 这是人类中研究最广泛的microRNA之一,在多种癌症中异常表达[^2] - 序列长度(22nt)符合脊椎动物microRNA的典型特征 - 5'端种子序列(位置2-8: `AGCUUAUC`)决定靶基因识别[^3] ### 不同RNA类型示例 | RNA类型 | FASTA头行示例 | 长度范围 | |---------------|----------------------------------------|------------| | **mRNA** | `>NM_001101.5 Homo sapiens ACTB mRNA` | 500-5000nt | | **rRNA** | `>NR_003285.4 Homo sapiens 18S rRNA` | 1800nt | | **tRNA** | `>tRNA-His-GTG Homo sapiens` | 70-90nt | ### 数据获取建议 1. **miRBase**:脊椎动物microRNA权威数据库([mirbase.org](http://www.mirbase.org/)) 2. **NCBI RefSeq**:哺乳动物参考RNA序列([NCBI Nucleotide](https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nucleotide/)) 3. **Rfam**:非编码RNA数据库([rfam.org](https://rfam.org/))
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