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wangpan007
世间不会怜悯弱者,只会敬畏强者
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论文解读:ProteinBERT: a universal deep-learning model of protein sequence and function
目录1. 研究背景2. 研究数据2.1 预训练的蛋白质数据集2.2 蛋白质基准数据集3. 研究方法3.1 序列和标注编码3.2 蛋白质序列和注释的自我监督预训练3.3 对蛋白质基准进行监督微调3.4 深度学习框架4. 结果4.1 预训练可以改善蛋白质模型4.2 ProteinBERT在不同的蛋白质基准上达到了近乎最先进的结果4.4 全局注意力机制的理解5. 结论作者单位:耶路撒冷希伯来大学发表期刊:《Bioinformatics》,2020年期刊影响因子:6.937发表时间:2022年1月9日数据和原创 2022-03-03 19:21:19 · 8892 阅读 · 4 评论 -
论文笔记:Protein-protein interaction site prediction through combining local and global features
文章目录一、论文基本情况二、前言三、数据(一)训练集和测试集(二)特征四、方法(一)局部特征(二)全局特征(三)文本卷积神经网络(TextCNN)五、模型的应用域(AD)(二)、全局特征的重要性(三)预测准确的情况(四)不同长度蛋白质的影响七、总结一、论文基本情况发表期刊:Bioinformatics(最新的IF=5.61)作者及单位:中南大学李敏团队服务器地址:http://bioinformatics.csu.edu.cn/PPISP/代码及数据地址:https://github.com/C原创 2021-01-03 19:52:50 · 3038 阅读 · 6 评论 -
论文笔记:DELPHI:预测蛋白质相互作用位点的精确深度集成模型
文章目录摘要:一、介绍二、材料和方法(一)、数据库(二)、测试集(三)、训练集和验证集(四)、输入特征(五)、模型架构(六)、CNN模型架构Web服务器:www.csd.uwo.ca/~yli922/index.php特征计算流水线:github.com/lucian-ilie/DELPHI联系邮箱: ilie@uwo.ca补充资料:摘要:动机:蛋白质通常通过与其他蛋白质相互作用来发挥功能,这就是为什么准确预测蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)结合位点是一个基本问题。实验方法既缓慢又昂贵。因此,人原创 2020-11-07 21:11:10 · 6223 阅读 · 1 评论 -
论文笔记:A tractable latent variable model for nonlinear dimensionality reduction
文章目录一、论文基本信息二、摘要一、论文基本信息发表期刊:《Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America》期刊最新影响因子:9.412中科院分区:综合性期刊 1 区论文作者及单位:加州大学圣地亚哥分校计算机科学与工程系劳伦斯·k·索尔(Lawrence K. Saul)出版日期:2020年6月24日原文链接:https://www.pnas.org/content/117/27/原创 2020-09-11 17:36:43 · 650 阅读 · 0 评论 -
论文笔记:3D Residual Networks for Action Recognition(飞浆复现)
论文笔记:3D Residual Networks for Action Recognition(飞浆复现)文章目录1、 Abstract2、Introduction3、Related Work2.1.、Action Recognition Database2.2、 Action Recognition Approach3、3D Residual Networks3.1、Network Architecture4、Experiments5、Conclusion1、 Abstract具有时空三维核的卷积原创 2020-08-06 19:58:01 · 818 阅读 · 0 评论