fastq-dump 报错 解决方案

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#[25] 生物信息学

wangchaoqi1985
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处理FASTQ文件时遇到的错误及解决方法
TechPr的博客
10-16 1081
以上是处理FASTQ文件时常见错误的解决方法。通过正确加载包、检查文件存在性和格式以及确保输入向量长度一致，可以避免这些错误，并成功处理FASTQ文件。希望这些解决方法能对你有所帮助！在使用R语言处理FASTQ文件时，有时会遇到一些常见的错误。本文将介绍一些常见的错误及其解决方法，并提供相应的R代码示例。
Fastq-dump: 一个神奇的软件
weixin_33734785的博客
01-12 2631
现在可以用fasterq-dump, 速度更快，请阅读都8102年了，还用fastq-dump，快换fasterq-dump吧 做生信的基本上都跟NCBI-SRA打过交道,尤其是fastq-dump大家肯定不陌生.NCBI的fastq-dump软件一直被大家归为目前网上文档做的最差的软件之一",而我用默认...
用fastq-dump --split-3 *将SSR文件转换为fastq文件
GXX8888的博客
05-18 954
直接fastq-dump --split-3会报错unrecognized option: '--split-3'（用于分析的数据是双端测序数据，本次分析流程参照：知乎——「与国同庆，万字长文」ATAC-seq实战教程：从SRA数据下载到高分辨率论文主图绘制。可能从转换格式开始就出错了，初学着实找不到解决方法，若有大佬看到，希望可以帮忙解答一下，不胜感激。第一步写循环检测质量，为什么敲入代码后报错，不存在SSR文件呢？下载安装fastqc后进行质量分析。换成gzip之后可以得到gz文件。
CentOS， 找不到dump命令：command not found
md_555的专栏
11-21 8315
dump 功能说明：备份文件系统。 语　　法：dump [-cnu][-0123456789][-b ][-B ][-d ][-f ][-h ][-s ][-T ][目录或文件系统] 或 dump [-wW] 补充说明：dump为备份工具程序，可将目录或整个文件系统备份至指定的设备，或备份成一个大文件。 参　　数： 　-0123456789 　备份的层级。  　-b 　指定区块
都8102年了，还用fastq-dump，快换fasterq-dump吧
weixin_33691700的博客
10-04 3479
之前写过一篇文章Fastq-dump: 一个神奇的软件， 详细介绍了fastq-dump的用法。 虽然fastq-dump参数很多，而且一直被吐槽参数说明写的太差，但是如果真的要用起来其实也就是一行代码 fastq-dump --gzip --split-3 --defline-qual '+' --defl...
使用fastq-dump下载SRA数据
Keep Learning
01-13 1万+
使用fastq-dump下载SRA数据 环境和配置请见系列博文 1.下载： fastq-dump -Z DRR047093 然后会显示信息：如果文件过大会有很多 可以显示制定条数 fastq-dump -X 5 -Z DRR047093 文件位置：自己安装sratoolkit时配置的位置 hadoop@Mcnode1:~/cloud/adam/xubo/data/do
fastq-dump一种报错的解决方案
weixin_30709809的博客
08-01 2508
2013-07-31T16:46:21fastq-dump.2.3.2err:namenotfoundwhileresolvingtreewithinvirtualfilesystemmodule-failedtoopen'SRR069755.sra' 以上是报错的提示。在SEQ answers里面找到了解决的方法： 将需要解压的sra文件的...
SRA转fastq问题解析及双端测序数据处理指南
本文围绕“SRA转fastq问题解析”这一主题展开深入探讨，重点分析了使用`fastq-dump`命令进行格式转换过程中常见的技术难点与解决方案，并结合实际应用场景说明输出文件的结构及其生物学意义。 首先，`fastq-dump`是...
【Linux】OpenSSL升级提示perl版本较低（安装Perl）
weixin_30580943的博客
07-18 3092
1.问题描述 在对OpenSSL升级包openssl-1.1.1a.tar.gz解压后，运行./configur编译的时候，它提示Perl的版本太低，无法编译。错误如下： Perl v5.10.0 required--this is only v5.8.8, stopped at ./Configure line 12. 2.解决方案 perl下载地址：perl-5.30.0.tar...
prefetch SRR15417584 2025-09-20T10:50:15 prefetch.2.9.6 sys: connection failed while opening file within cryptographic module - mbedtls_ssl_handshake returned -9984 ( X509 - Certificate verification failed, e.g. CRL, CA or signature check failed ) 2025-09-20T10:50:15 prefetch.2.9.6 sys: mbedtls_ssl_get_verify_result returned 0x4008 ( !! The certificate is not correctly signed by the trusted CA !! The certificate is signed with an unacceptable hash. ) 2025-09-20T10:50:15 prefetch.2.9.6 sys: connection failed while opening file within cryptographic module - ktls_handshake failed while accessing '130.14.29.110' from '192.168.123.221' 2025-09-20T10:50:15 prefetch.2.9.6 sys: connection failed while opening file within cryptographic module - Failed to create TLS stream for 'www.ncbi.nlm.nih.gov' (130.14.29.110) from '192.168.123.221' 根据代码和报错，分析原因，给出解决方法
最新发布
09-21
需要给出可操作的解决方案：优先建议用户手动下载证书包更新，因为NCBI最近刚迁移到AWS云服务，旧系统可能缺乏新CA证书。同时提醒检查代理设置，有些实验室防火墙会拦截SSL流量。如果用户是生物信息学研究者，或许还...
parallel-fastq-dump:并行fastq-dump包装器
04-30
并行fastq转储 并行fastq-dump包装器 为什么和如何 即使您已经拥有更快的资源（网络，IO，CPU），即使您已经下载了sra文件，NCBI fastq-dump有时也会非常慢。 该工具通过将工作划分为多个线程来加快过程。 这是可能的，因为fastq-dump具有选项（ -N和-X ）来查询fastq-dump文件的特定范围，此工具的工作方式是将工作划分为请求的线程数，并行运行多个fastq-dump并连接结果返回一起，就好像您刚刚执行了普通的fastq-dump调用一样。 提示 使用fastq-dump下载很慢，即使有多个线程，也建议在使用fastq-dump之前使用prefetch来下载目标fastq-dump文件，这样fastq-dump将只需要进行转储。 所有其他参数将直接传递给fastq-dump ，-- --gzip ，-- --split-files和过滤器按预
PS C:\Users\Liangxin> prefetch SRR1972917 >> 2025-07-22T02:41:51 prefetch.3.2.1: 1) Resolving 'SRR1972917'... 2025-07-22T02:41:54 prefetch.3.2.1: Current preference is set to retrieve SRA Normalized Format files with full base quality scores 2025-07-22T02:41:56 prefetch.3.2.1: 1) Downloading 'SRR1972917'... 2025-07-22T02:41:56 prefetch.3.2.1 int: path invalid while accessing directory within file system module - KDirectoryDate [/cMySRAFiles/sra/SRR1972917.sra.lock] 2025-07-22T02:41:56 prefetch.3.2.1: SRA Normalized Format file is being retrieved 2025-07-22T02:41:56 prefetch.3.2.1: Downloading via HTTPS... 2025-07-22T02:41:56 prefetch.3.2.1 int: path invalid while opening directory within file system module - Cannot OpenFileWrite((/cMySRAFiles/sra/SRR1972917.sra.prf) 2025-07-22T02:41:56 prefetch.3.2.1 int: path invalid while opening directory within file system module - Cannot keep transaction file 2025-07-22T02:41:56 prefetch.3.2.1 int: path invalid while opening directory within file system module - Cannot keep transaction file: Cannot open TF 2025-07-22T02:41:56 prefetch.3.2.1 int: path invalid while opening directory within file system module - Cannot OpenFileWrite(/cMySRAFiles/sra/SRR1972917.sra.tmp) 2025-07-22T02:41:56 prefetch.3.2.1: HTTPS download failed 2025-07-22T02:41:56 prefetch.3.2.1 int: path invalid while opening directory within file system module - 1) failed to download 'SRR1972917'
07-23
</think>### Prefetch工具下载SRA数据失败解决方案 遇到`prefetch SRR1972917`报错"path invalid"或"failed to download"时，通常由路径配置或网络问题导致。以下是系统排查步骤： --- ### **1. 验证路径配置** -...
hisat2 --help Segmentation fault (core dumped) (ERR): Description of arguments failed! Exiting now ... 如何解决
04-21
在回答过程中，需要确保结构清晰，分点列出可能的原因和解决方案，语言简洁明了，方便用户一步步排查。同时，提醒用户注意检查常见问题，如文件权限、路径正确性等，这些细节容易被忽视但可能导致错误。</think>### ...
生信软件21 - 多线程拆分NCBI-SRA文件工具pfastq-dump
LittleComputerRobot的博客
06-06 1752
pfastq-dump支持多线程拆分，相比于NCBI 工具fastq-dump效率大幅提升。
SRA文件的下载（prefetch）和解压SRA文件（fastq-dump）
热门推荐
yearstime的博客
03-24 4万+
sra文件下载方式 NCBI-SRA和EBI-ENA数据库 SRA数据库: Sequence Read Archive：隶属NCBI (National Center for Biotechnology Information)，它是一个保存大规模平行测序原始数据以及比对信息和元数据 (metadata) 的数据库，所有已发表的文献中高通量测序数据基本都上传至此，方便其他研究者下载及再研究。其中的数据则是通过压缩后以.sra文件格式来保存的，SRA数据库可以用于搜索和展示SRA项目数据，包括SRA主页和 E
SRA Toolkit简单使用（prefetch和fastq-dump）
m0_65788436的博客
12-27 2291
01. 下载 SRA Toolkit ·ncbi/sra-tools 维基。
linux下载sra数据库,使用fastq-dump从NCBI的SRA数据库下载数据
weixin_32485901的博客
05-03 889
测序类的论文，一般需要将原始测序reads数据上传到某个公开的数据库，然后在文章末尾标明数据存储位置和登录号。NCBI的SRA (Sequence Read Archive) 数据库(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/) 是最常用的存储测序数据的数据库。如何从SRA数据库下载他人公开的数据，以作己用呢？fastq-dump-X5-Z SRR492257#直接看到...
dump命令找不到的问题
bqk847的专栏
12-08 3090
当你第一次使用dump可能会发现command not found，这是由于dump没有安装的缘故，在centOS中yum是默认安装的 所以用yum去安装dump 首先用 yum provides "dump" 查看是哪个包提供此命令 然后用yum install dump-0.4-0.6.b42.e16.x86_64(此为你上面查到的dump的包号) 如果是在ubuntu中yu
sratoolkits的fastq-dump-orig命令
08-07
### fastq-dump-orig 命令的用途与选项 `fastq-dump-orig` 是 SRA Toolkit 中的一个工具，用于将 SRA（Sequence Read Archive）格式的数据转换为 FASTQ 格式。FASTQ 是一种常见的用于存储高通量测序数据的文件格式，包含序列信息和质量评分。`fastq-dump-orig` 是 `fastq-dump` 的早期版本，功能较为基础，适合用于处理特定格式的数据。 #### 基本用法 ```bash fastq-dump-orig [options] <SRA-file> ``` #### 常用选项 - `-h, --help` 显示帮助信息并退出。 - `-V, --version` 显示程序版本并退出。 - `-o, --outdir <dir>` 指定输出文件的目录。如果未指定，则默认输出到当前目录。 - `-O, --gzip` 将输出的 FASTQ 文件压缩为 `.gz` 格式。 - `-X, --max-reads <num>` 限制输出的最大读数数量。 - `-A, --min-reads <num>` 设置输出的最小读数数量。 - `-B, --skip-reads <num>` 跳过指定数量的读数后开始输出。 - `-C, --read-filter <filter>` 应用过滤器，选择特定的读数类型（如 `pass` 表示只输出通过质量过滤的读数）。 - `-F, --fasta` 输出为 FASTA 格式，而不是默认的 FASTQ 格式。 - `-Q, --quality-format <format>` 指定质量评分的格式，支持 `sanger`, `solexa`, `illumina` 等格式。 - `-Z, --stdout` 将输出直接打印到标准输出，而不是写入文件。 - `-S, --split-spot` 将每个 spot（即每个测序片段）拆分为单独的文件。 - `-R, --split-read` 将每个 read 拆分为单独的文件。 - `-E, --split-3` 将双端测序数据拆分为两个文件（`_1` 和 `_2`），适用于双端测序数据的处理。需要注意的是，某些旧版本的工具可能不支持该选项，导致报错，如 `unrecognized option: &#39;--split-3&#39;` [^2]。 #### 示例 ##### 示例 1：将 SRA 文件转换为 FASTQ 格式 ```bash fastq-dump-orig SRR123456.sra ``` 该命令会将 `SRR123456.sra` 文件转换为 `SRR123456.fastq` 文件。 ##### 示例 2：将 SRA 文件转换为压缩的 FASTQ 文件 ```bash fastq-dump-orig -O SRR123456.sra ``` 该命令会将 `SRR123456.sra` 文件转换为 `SRR123456.fastq.gz` 文件，并压缩输出。 ##### 示例 3：限制输出的最大读数数量 ```bash fastq-dump-orig -X 1000 SRR123456.sra ``` 该命令只会输出前 1000 个读数。 ##### 示例 4：将双端测序数据拆分为两个文件 ```bash fastq-dump-orig -E SRR123456.sra ``` 该命令会将双端测序数据拆分为两个文件：`SRR123456_1.fastq` 和 `SRR123456_2.fastq`。 #### 注意事项 - 如果遇到 `unrecognized option: &#39;--split-3&#39;` 错误，可能是因为使用的 `fastq-dump-orig` 版本较旧，不支持该选项。可以尝试更新 SRA Toolkit 到最新版本，以获得对 `--split-3` 选项的支持 [^2]。 - 在处理大规模数据时，建议使用 `-X` 选项限制输出的读数数量，以便进行测试和调试。 - 如果需要更高级的功能（如并行处理、更复杂的过滤规则），可以考虑使用 `fastq-dump` 的新版本。
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