GWAS - plink文件类型

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plink文件类型

• Plink常见格式有五种：ped，map，bed，fam，bim
• PLINK接受VCF文件作为输入，但在PLINK中使用的首选格式是带有结尾.ped（和.map）的文件，以及带有结尾.bed（+ .bim + .fam）的文件
  （ ped 和 map 是一组的，bed fam bim 是一组的。因为Plink指令是一对一对识别，例如.ped文件一定要有配对的名字.map文件，一对起来才能运行，名字要保持一致）
  一般我们提出来了SNP的文件为 .vcf文件, 需要先转换为plink认识的文件类型

# 使用vcftools来实现
vcftools --vcf my.vcf --plink --out plink

# 使用plink来实现 
plink --vcf file.vcf --recode --out file

.ped文件

ped是pedigree的缩写，差不多是记录家系（pedigree ） 信息的文件

1.第一列： Family ID表示家族，同一个家族用同一个family ID表示
2.第二列： Individual ID用来表示个体ID，第一列和第二列的信息加起来可以确定出唯一个体
3.第三列： Paternal ID表示父本ID（如果缺少该信息则为’0’，如这个样本没有采集父本的表型信息，相当于确实数据）
4.第四列： Maternal ID表示母本ID（如果缺少该信息则为’0’）
5.第五列： 性别代码（‘1’=男性，‘2’=女性，‘0’=未知）
6.第六列： Phenotype（表型)，Plink会自己判断表型的类型，如果缺少该表型数据，可以使用-9/0/非数字来表示。