GWAS - plink介绍与安装（Mac）

此教程写给像博主一样的小白，欢迎各路大神批评指正

GWAS

GWAS全称“全基因组关联分析”，使用统计模型找到与性状关联的位点，用于分子标记选择（MAS）或者基因定位。
简单来讲，就是找出基因中哪些序列变异（SNP）与疾病相关。即就是统计一个数，找出与表型最有显著性意义的那些基因（位点）。分析方法有：逻辑回归（表型数据为二元）；线性回归（表型数据为连续性变量）；表型数据正态分析（如果不是正态分布，需转换处理为正态分布）。

R包、plink和EMMAX都可以做GWAS，但是据说后两者做GWAS更快，更容易写出pipeline。以及实验室师兄师姐均采用plink，因此选择学习这个工具。
#plink介绍
PLINK是一个免费的开源全基因组关联分析工具集，在SNP数据统计，过滤，GWAS分析中都可以用得上，而且计算速度很快。直接去百度上搜索plink就可以很容易就找到plink官网（http://www.cog-genomics.org/plink2）功能大概有以下几种：

• 数据管理： SNP数据格式的转换，合并两个或多个文件，提取SNP子集，以二进制文件格式压缩数据等。
• 质量控制的SNP数据统计： 计算丢失基因型率，等位基因，基因型频率，HWE测试，个体和个体对的近亲繁殖，IBS和IBD统计，LD区域计算等。
• GWAS关联分析
• Meta分析
  #plink下载
  官网现在更新呦plink1.9与plink2.0版本，可以根据自己需要下载，我选择的是1.9 stable版本。
  plik下载方便，只要找到相应的系统的版本就可以进行下载了，下载链接地址为：http://www.cog-genomics.org/plink2/下载完解压即可立即使用。

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此时在终端中直接输入plink不可行哦
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