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原创 Ubuntu tensorflow2.X 调用cuda10.2

已经安装了CUDA 10.2，然后才发现TensorFlow 2.2只支持CUDA 10.1，CUDA10.2没有对应的tensorflow版本。采取下面的办法建一个软链接即可。注意，我的cuda安装在conda虚拟环境里，不使用根目录里安装的cudaln -s ~/anaconda3/envs/pytorch/lib/libcudart.so.10.2.89 ~/anaconda3/envs/pytorch/lib/libcudart.so.10.1相关：conda创建虚拟环境和

2022-04-11 10:19:57 1001

原创 pytorch模型不拟合？可能只是没有shuffle样本

本来我的模型是好好的，昨天只是稍微修改了一下模型的运行代码，不知道为什么loss始终不下降，模型没办法拟合debug了一天，模型全都回滚了，都没有用……今天我终于发现，是因为我去掉了样本的shuffle过程之前跑的时候，为了能完全复现结果，把所有dataloader的shuffle都关掉了，并且固定了所有seed，只有读入模型的时候shuffle了一次样本一旦去掉了这个shuffle，就完全不拟合了……加回去之后就好了，或者把dataloader的shuffle打开也可以。附固定seed

2021-01-19 10:42:08 526

原创 numpy中字符串存储的位数问题

位数被截了首先有个array aa= np.array(list_a, dtype=bytes)a.dtypeOut: dtype('S23')23 就是list_a里最长的字符串然后有个array bb = np.array(list_b, dtype=bytes)b.dtypeOut: dtype('S31')同理，31就是list_a里最长的字...

2020-04-20 13:56:50 991 1

原创 scp 远程复制文件

每次开新服务器我都傻傻的重装一次环境，才知道原来可以直接从其他服务器上把家目录远程拷贝过来。本质上，一个用户就是一个文件夹而已，全拷过来就能正常使用了。adduser username#先添加你这个用户su usernamecd#切换过来，并进入家目录scp -r 172.0.0.0:/home/username/* .#把远程的你的家目录下面的所有非隐藏文件都拷过来...

2019-08-12 10:06:20 275

原创源码安装deepchem

先下载安装git clone https://github.com/deepchem/deepchem.git # Clone deepchem source code from GitHubcd deepchemgpu=1 bash scripts/install_deepchem_conda.sh deepchem # If you want GPU s...

2019-06-29 15:03:28 1583 2

原创安装chembl psql

没装psql的可以先从源码编译安装（ubuntu18）参见另一个博文https://blog.youkuaiyun.com/unsterbliche/article/details/92806630安装好后先下载chembl的psql dumpftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/chembl/ChEMBLdb/latest/下载里面的ftp://ftp.ebi...

2019-06-19 19:57:51 948

原创 ubuntu18 从源码编译安装psql

为了自定义database的存储路径，我使用源码编译安装。如果直接apt-get install，以后再改存储路径非常费劲。先下载https://www.postgresql.org/ftp/source/为了顺利使用chembl库，这里下载的是https://ftp.postgresql.org/pub/source/v9.5.17/postgresql-9.5.17.tar.bz2...

2019-06-19 19:08:41 453 2

原创从pubchem下载mapping文件

一条神奇的网址https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/rest/pug/compound/cid/9863776,3385,10172943,9549184/property/CanonicalSMILES/CSV更多使用方法参考https://pubchemdocs.ncbi.nlm.nih.gov/pug-rest-tutorial...

2019-05-15 15:30:01 1048

原创多显卡服务器,显存明明够用,却报错 Failed to create session.

今天在服务器3上跑了下tensorflow的模型, 一直报错Failed to create session.通常这种情况是显存不够,但是服务器3上两块1080Ti,第一块占满了,第二块空的,因此不应该没有显存.把第二块显卡'1'设置为可见import osos.environ['CUDA_VISIBLE_DEVICES'] ='0,1'依旧报错把显卡都设置为不可见os...

2019-04-15 15:28:21 1702

原创 module 'pandas' has no attribute ‘XXX’

今天想装pytorch，懒了一下没有建新环境，直接装在了deepchem环境下面，开始了修修补补之路①pyqt和spyder的恩怨情仇我实在是搞不懂，总之conda uninstall pyqtconda install spyder可以解决②pandas无情的报错了module 'pandas' has no attribute 'XXXXXX'查了一下，说是和da...

2019-03-19 10:09:35 6476

原创安装connorcoley modified rdkit的曲折过程

为了用connorcoley的反应预测代码（https://github.com/connorcoley/ochem_predict_nn），要安装他修饰过的rdkit，他说：due to the unique reaction representation used, generating candidate outcomes requires the modified RDKit versi...

2019-03-06 17:02:04 405

转载二进制摩根分子指纹的输出

If you are referring to the number of bits in a circular/Morgan fingerprint, you can set this directly in RDKit using the 'nBits' parameter. For example:>>from rdkit import Chem>>from rdki...

2018-06-22 13:40:12 4029

转载 pandas .to_excel不覆盖已有sheet的方法

直接to_excel会被覆盖，借助ExcelWriter可以实现写多个sheet。writer = pd.ExcelWriter('music_table.xlsx')music_table.to_excel(writer, sheet_name='Music1')music_table.to_excel(writer, sheet_name='Music2')writer.save()作者：林林...

2018-06-05 11:12:41 36388 2

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