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RSS订阅原创 邻居列表方法（Neighbor List Method）及其在分子动力学模拟中的应用
邻居列表方法（Neighbor List Method）是一种在分子动力学模拟中提高计算效率的重要技术，用于减少粒子之间相互作用的计算次数。此方法通过构建一个动态更新的邻居列表，限制计算仅在相互作用范围内的邻居之间进行，从而减少不必要的计算。一、邻居列表方法的基本概念在分子动力学模拟中，每个粒子与其他粒子之间的相互作用需要根据相对距离计算。然而，计算所有粒子对之间的相互作用耗费大量时间，尤其当粒子数 较大时，总的计算量为。为了减少这种复杂度，可以设定一个截断距离（cutoff distance），并
2024-11-01 14:00:14
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原创 用Python语言编写初级分子动力学模拟框架程序
1.粒子初始化：在一个三维盒子中生成并初始化N个粒子的初始位置和速度。2.周期性边界条件（PBC）：在粒子出界时将其位置调整回盒子内，模拟无边界效果。3.力计算：使用Lennard-Jones势计算粒子间的范德华力。4.时间积分（Velocity-Verlet算法）：通过时间步长模拟粒子在力场下的运动。5.温度校准：基于期望的温度对粒子的速度进行标定，以确保系统在给定温度下运行。6.数据输出：将初始和最终结构输出到.gro文件中，可导入至VMD等分子可视化软件中进行进一步分析。
2024-10-31 23:01:33
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空空如也
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