Mysql数据库更新操作导致死锁问题

最近维护项目发现的一个有意思的问题，写篇文章记录一下。
项目的问题是数据库发生了死锁，在盘查的所有的业务代码后我认为是“单条”批量update语句需要锁表而引发的问题

项目是基于spring的webservice，采用mysql数据库innodb引擎，问题涉及的主要业务如下：
业务1：系统会定期盘点数据（以下称为自动盘点），盘点中一个必要的数据不是存放在本地，需要通过http请求远程服务器，所以会导致服务层的一个方法运行缓慢（大约需要5小时）
业务2：管理员可以对某些数据进行手动盘点，手动盘点也需要通过http请求远程服务器，但是由于手动盘点数据一般较少，所以手动盘点只需要执行数分钟。

我查看了一下spring的配置，发现原先开发的时候为了省事，直接采用spring自动管理事务方式，代理了service层的所有方法。我们知道update事务需要获取mysql的写锁，由于数据库引擎采用的是innodb，在有索引的情况下会使用行锁，这样只要更新完立即释放锁，理论上就可以避免死锁了。
在咨询了老员工，发现某条数据更新失败不会影响整体的数据完整性，于是我将自动盘点更改为手动事务，获取到数据之后立即写入数据库，但是还是会与手动盘点冲突，问题还是存在。我查看了一下mybatis的更新语句，发现手动盘点有一条这样的语句：

update `A` set 省略 where id in(select id from `B`