taojiea1014的博客

问题：如何筛选差异的基因（蛋白）。已经计算了表达量和p value值，差异的基因（蛋白）太多了，如何筛选。其中最为关键的是需要对p value进行校正。基本概念：零假设：在随机条件下的分布。p值：在零假设下，观测到某一特定实验结果的概率称为p值。假阳性：得到了阳性结果，但这个阳性结果是假的。假阴性：得到了阴性结果，但这个阴性结果是假的单次检验：针对单个基因（蛋白），采用统计检验，假设采用的p值为小...

8.1.1 Data summarydata <- read.table("c:\\temp\\classic.txt",header=T)names(data)attach(data)par(mfrow=c(2,2))plot(y)boxplot(y)hist(y,main="")y2 <- yy2[52] <- 21.75plot(y2)summary(y)fivenum(y...

8.2 Bootstrap in hypothesis testingskew <- function(x){m3 <- sum((x-mean(x))ˆ3)/length(x)s3 <- sqrt(var(x))ˆ3m3/s3}data <- read.table("c:\\temp\\skewdata.txt",header=T)attach(data)names(da...

8.4.1 Comparing two variancesBefore we can carry out a test to compare two sample means (see below), we need to test whether the samplevariances are significantly different (see p. 356). The test coul...

streams <- read.table("c:\\temp\\streams.txt",header=T)attach(streams)names(streams)t.test(down,up)t.test(down,up,paired=TRUE)difference <- up - downt.test(difference)8.6 The sign testbinom.test...

Type I error, also known as a “false positive”: the error of rejecting a null  hypothesis when it is actually true.  So the probability of making a type I error in a test with  rejection region R isTy...

常规步骤：一般多组间样本均数的比较是先做正态性检验和方差齐性，然后在各组都满足正态性和方差齐性的前提下做方差分析。如果数据呈现正态分布，但方差不齐，则可以选择近似方法(Welch法 和 Brown-Forsythe法)。如果不满足正态性检验，则选择非参数方法Kruskal-Wallis检验或其他方法。(来源：陈平雁主编的《IBM SPSS 19统计软件应用教程》)。Permutation Test...

Wald testModel 1: hsngval ~ pcturban + faminc + reg2 + reg3 + reg4Model 2: hsngval ~ pcturban  Res.Df Df      F    Pr(>F)    1     44                        2     48 -4 12.975 4.643e-07 ***-...