Plotting in R for Biologists

最新推荐文章于 2018-07-16 11:30:00 发布

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本文介绍如何使用R语言及其ggplot2包进行生物数据的可视化处理。通过读取特定格式的数据文件并绘制不同类型的柱状图来展示不同染色体上的特征分布。此外，还介绍了如何保存这些图表为多种格式。

数据

library(ggplot2)
filename <- "/home/taoyan/Plotting in R for Biologists/Lesson-01/Encode_HMM_data.txt"
my_data <- read.csv(filename, sep="\t", header=FALSE)
# 查看一下数据
head(my_data)

对数据列名重命名
names(my_data)[1:4] <- c("chrom","start","end","type")
head(my_data)

绘图
对不同染色体上的不同type绘制柱形图
ggplot(data = my_data, aes(x= chrom, fill= type))+geom_bar()

保存
如果想直接保存图片到文件中，可以用dev.off，R语言支持多种图形类型
png("Lesson-01/plot.png")
ggplot(my_data,aes(x=chrom,fill=type)) + geom_bar()
dev.off()

tiff("Lesson-01/plot.tiff")
ggplot(my_data,aes(x=chrom,fill=type)) + geom_bar()
dev.off()

jpeg("Lesson-01/plot.jpg")
ggplot(my_data,aes(x=chrom,fill=type)) + geom_bar()
dev.off()

pdf("Lesson-01/plot.pdf")
ggplot(my_data,aes(x=chrom,fill=type)) + geom_bar()
dev.off()

# 设置清晰度
png("Lesson-01/plot_hi_res.png",1000,1000)
ggplot(my_data,aes(x=chrom,fill=type)) + geom_bar()
dev.off()
这节课比较简单，没什么知识点，当然如果R语言没入门的话读个数据都困难重重，所以如果基础不太好的可以直接去youtube看视频，讲的很详细。
##SessionInfo
sessionInfo()