
生物学与基因
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SparkBWA编译失败报错解决
BWA、bwa基因软件在spark中运行,进行sparkbwa编译sparkbwa.jar包。解决编译报错问题。原创 2020-09-10 22:59:04 · 538 阅读 · 0 评论 -
bwa基因测序
BWA–MEM 算法执行局部比对和剪接性。可能会出现 query 序列的多个不同的部位出现各自的最优匹配,导致 reads 有多个最佳匹配位点。原创 2020-08-30 22:22:02 · 1375 阅读 · 0 评论 -
Bray-Curtis相异矩阵系数
Bray-Curtis相异矩阵概念Bray-Curtis相异矩阵常用Bray-Curtis。Bray-Curtis相异度是生态学中用来衡量不同样地物种组成差异的测度,可以计算生物样本中不同物种组成的数量特征。包括:多度,盖度,重要值等。优点:Bray-curtis计算时,不仅考虑样本中物种的有无,而且还考虑不同物种的相对丰度。Bray-Curtis相异系数对数化的意义一般常规的是使用原始数据...原创 2019-06-24 19:50:58 · 24298 阅读 · 0 评论 -
Python的lasso回归分析
加载调用函数包import numpy as np # 快速操作结构数组的工具import pandasimport matplotlib.pyplot as plt # 可视化绘制from sklearn.linear_model import Lasso,LassoCV,LassoLarsCV 数据读取data = pd.read_csv('C://Users//TD//D...原创 2019-06-30 23:15:47 · 19192 阅读 · 3 评论 -
Bioconductor镜像的使用方法
安装环境:R-3.5.3source(“http://bioconductor.org/biocLite.R”)#指定一个离你最近的国内镜像options(BioC_mirror=“http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/”)biocLite(“Bioconductor”)选择一个生信包进行安装...原创 2019-08-02 11:45:10 · 6061 阅读 · 0 评论