vcf、plink文件格式互转

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本文介绍了如何将基因数据格式从PLINK转换为VCF，以及如何将VCF文件再转回PLINK格式。此外，还展示了如何使用vcftools筛选特定SNPs，并提供了在转换过程中解决可能出现问题的提示。

1.plink转vcf

plink --file test --make-bed --out test_1

###此步是将map和ped文件转换为二进制的文件

plink --bfile test_1 --recode vcf-iid --out test_vcf

###这样就把plink文件转换成vcf格式了

2. 将vcf格式文件转化为plink格式文件

vcftools --vcf my.vcf --plink --out plink

3. 也可使用plink进行转换

plink --vcf my.vcf --recode --allow-extra-chr --out my_reseq

#–allow-extra-chr是当出现错误，无法读取chrom时加的，可以强制程序接受编号

4. 筛选SNPs
在file.txt中， snp名字作为一列，无header，输出格式为vcf

vcftools --gzvcf my.vcf --snps snps.txt --recode --recode-INFO-all --out filter.snp

4 条评论

hsudhdb 2022.05.25
老师您好，我想请教您一个问题，我在将vcf格式的文件转为plink格式的文件时，提示我的vcf文件的第2行有一个无效的GT字段，，要怎么解决啊
- 城西小霸王回复hsudhdb 2022.06.01
  具体的运行代码和错误代码？或许可以试试加上 --vcf-require-gt

upupGs 2022.01.02
我在plink转vcf中报错，显示At least one VCF allele code violates the official specification; other tools may not accept the file. (Valid codes must either start with a '<', only contain characters in {A,C,G,T,N,a,c,g,t,n}, be an isolated '*', or represent a breakend.) 是什么原因呢
- 城西小霸王回复upupGs 2022.01.17
  没有遇到过这个问题，不过在官方文档离是这么解释：This can happen when you try to convert e.g. 23andMe files with nonstandard allele codes to VCF format. The usual solution is to filter out these variants with e.g. "--snps-only just-acgt". You can try to standardize some of the allele codes (see the "Fixed fields" subsection of the VCF specification for a description of the correct representation), but at least in the 23andMe case, it may not be possible to do this reliably with publicly available information. 试试把不符合规范的位点过滤一下？