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原创 plink计算杂合度

现有map/ped文件。

2024-03-04 12:31:24 1157 1

原创 plink常用质控

现有文件map/ped--geno--mind。

2024-03-04 12:16:10 642 1

原创 plink提取ID

【代码】plink提取ID。

2024-03-04 12:01:34 522 1

原创 plink常用文件格式转换

记录变异位置信息第一列 染色体编号第二列 SNP名称第三列 遗传距离第四列 snp物理位置。

2024-03-01 13:38:54 1137

原创 map/ped转换vcf、PI

map / ped转换为二进制格式，PI

2024-02-26 16:25:56 747 1

原创 FST分析

# 其中--vcf 是输入所需要计算的群体的输入文件，注意是vcf格式的。--weir-fst-pop 这个命令是输入第一个群体文件，注意是txt文件格式。即Desert.txt，此文件只包含一列，就是群体个体的ID。high.txt也是一样的，是第二个群体的个体的ID。为1则表示是完全隔离的，完全不相似。mean FST：绝对值 weight FST：加权平均值（一般用这个）①在 ‘ls’ 中用 ‘unzip X.zip’ 解压文件。+1在.txt文件命名X_X.!*unzip：解压文件。

2024-02-23 16:48:58 1254

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