[codility]GenomicRangeQuery

原创于 2014-04-22 21:45:31 发布 · 1.7k 阅读

0 ·

CC 4.0 BY-SA版权

面试编程训练同时被 2 个专栏收录

93 篇文章

订阅专栏

codility

39 篇文章

订阅专栏

本文介绍了一个使用Python实现的基因序列分析算法。该算法通过构建核苷酸累加表来高效查询区间内出现的最小重要性核苷酸。通过对输入字符串S及一系列区间[P, Q]的处理，可以找出每个区间内的最小显著核苷酸。

Python代码如下：

def solution(S, P, Q):
    # write your code in Python 2.6
    dict = {'A':0, 'C':1, 'G':2, 'T':3}
    nuclSumTable = [[0 for col in range(len(S)+1)] for row in range(4)]
    #print nuclSumTable
    for value in enumerate(S):
        for i in xrange(0, 4):
            nuclSumTable[i][value[0]+1] = nuclSumTable[i][value[0]]
        nuclSumTable[dict[value[1]]][value[0]+1] = nuclSumTable[dict[value[1]]][value[0]]+1
    
    # query based on sum tables
    #print nuclSumTable
    results = [0]*len(P)
    for i in xrange(0, len(P)):
        for nuclIndex in xrange(0, 4):
            if nuclSumTable[nuclIndex][Q[i]+1] > nuclSumTable[nuclIndex][P[i]]:
                results[i] = nuclIndex+1
                break
            
    return results
    pass