4、生物分子结构建模与图的同距数相关研究

生物分子结构建模与图的同距数相关研究

生物分子结构建模

RNA 折叠过程中的结构

在 RNA 折叠过程中，会形成多种生物分子结构，这些结构可分为一级、二级和三级结构。一级结构代表构成完整核酸分子的核苷酸的精确序列；二级结构是二维的，通过互补核苷酸（沃森 - 克里克配对）的碱基配对自身折叠形成，可能会形成环状结构；三级结构是三维的，对其研究较为困难。RNA 序列的进化需要满足折叠、结构和功能三个要求，因此在 RNA 折叠过程中识别结构值得特别关注。常见的环状结构包括茎环、内部环、凸起环和多分支环。

形式语言表示

RNA 折叠过程中发现的生物分子结构可以用形式语言表示。以下是一些常见结构及其形式语言表示：
| 图编号 | 生物分子结构 | 形式语言表示 |
| ---- | ---- | ---- |
| 图 4(a)（左） | 双凸起环 | (L_{dbl} = {u_1u_2v_1 \overline{u_2}^Rv_2 \overline{u_1}^R }) |
| 图 4(a)（中） | 扩展内部环 | (L_{eil} = {u_1v_1u_2v_2 \overline{u_2}^Ru_3v_3 \overline{u_3}^R \overline{u_1}^R }) |
| 图 4(a)（右） | 双茎环 | (L_{dsl} = {v_1u_1v_2 \overline{u_1}^Rv_3u_2v_4 \overline{u_2}^Rv_5 }) |
| 图 4(b)（左） | 混合环 | (L_{hl} = {u_1v_1u_2v_2 \overline{u_2}^Rv_3u_3v