songyi10的博客

PRINSEQ全称是PReprocessing and INformation of SEQuences,拥有在线分析管道，也有命令行版本。PRINSEQ是一个可以用来过滤，转换(reformat)，或者剪切基因组/宏基因组数据的一个工具，他可以统计基因组序列质量信息，以图表的形似输出（感觉上和fastqc类似，但实际不一样）。网址：https://prinseq.sourceforge.net/manual.html。

在对下机数据进行处理的时候，原始的数据一般都带有接头，如果不除去接头序列，会对接下来的基因组装和比对产生较大的误差，所以这个时候需要对原始数据进行接头处理并过滤掉质量较差的序列，其中Cutadapt是一个比较经典的能够对双端进行接头切除的软件。

当与参考注释（也作为 GFF 提供）进行比较时，程序 gffcompare 可用于比较、合并、注释和估计一个或多个 GFF 文件的准确性。Github:https://github.com/gpertea/gffcompareReference: http://ccb.jhu.edu/software/stringtie/gffcompare.shtml下载与安装源码安装wget http://ccb.jhu.edu/software/stringtie/dl/gffcompare-0.1

StringTie 是一种快速高效的将 RNA-Seq 比对到潜在转录本的组装器。它使用新的网络流算法以及可选的从头组装步骤来组装和定量代表每个基因位点的多个剪接变体的全长转录本。它的输入不仅可以包括其他转录组装器也可以使用的短读取比对，还可以包括从这些读取组装的较长序列的比对。为了识别实验之间的差异表达基因，StringTie 的输出可以通过专门的软件如 Ballgown、Cuffdiff 或其他程序（DESeq2、edgeR 等）进行处理。下载与安装源码安装wget http://ccb.jh

ANI-平均核苷酸一致性ANIDDH(DNA-DNA hybridization)DNA分子杂交-曾经作为基因组水平上的原核物种界定的黄金标准已经被使用了将近50年。它作为唯一的提供数字化和相对稳定物种界定的分类学方法，它对现在的分类方法有着重要的影响地位。但是，现在的基因组学时代，DDH显得有点过时了。两个基因组间ANI(average nucleotide identity)由于最能反映DDH，是一种不错的分类的方法。物种的概念大概由2,400年前的 Aristotle（亚里士多德）提出来的