songyi10的博客

最近需要对启动子区域进行预测，所以首先对启动子的结构特征进行了解，而说到启动子，那就一定要了解基因结构，所以，在网上查找了部分资料进行整理与学习。首先，根据RNA合成的不同时期，从DNA到成熟mRNA，分为三个阶段了解基因结构的变化。......

NR数据库的物种注释1.创建NR子库为什么要创建nr或nt数据库的子库，因为这两个库数据量巨大，若只专注某个领域而非全部，则在对自身领域进行注释时就会耗费大量时间，为了节省时间，就需要在原来nr/nt数据库的基础上构建相对的子库。构建方法如下：方法一：从NCBI官网下载相应物种的Accession ID在2017年之后的nr/nt数据库变成不再支持gi号搜索的。所以我们不可以根据gi号来分离并构建对应的子库，那么我们就需要查看新版本的nr/nt库的序列的id特征，发现他们变成了accessio

NCBI数据库在微生物测序分析中，常常需要对未知的核酸或蛋白序列进行物种,功能或类别注释。注释方法种类较多，其中最常用的是与一些标准数据库进行相似性搜索，也就是序列比对。因此，数据库的优劣对注释结果至关重要。NR/NT数据库NR(Non-Redundant Protein Sequence Database)非冗余蛋白库，所有GenBank+EMBL+DDBJ+PDB中的非冗余蛋白序列，对于所有已知的或可能的编码序列，NR记录中都给出了相应的氨基酸序列（通过已知或可能的读码框推断而来）以及专门蛋白数据

ANI-平均核苷酸一致性ANIDDH(DNA-DNA hybridization)DNA分子杂交-曾经作为基因组水平上的原核物种界定的黄金标准已经被使用了将近50年。它作为唯一的提供数字化和相对稳定物种界定的分类学方法，它对现在的分类方法有着重要的影响地位。但是，现在的基因组学时代，DDH显得有点过时了。两个基因组间ANI(average nucleotide identity)由于最能反映DDH，是一种不错的分类的方法。物种的概念大概由2,400年前的 Aristotle（亚里士多德）提出来的