poj1080 Human Gene Functions

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本文介绍了一种通过状态转移实现的碱基配对算法，该算法用于寻找一对碱基序列之间的最佳匹配，并计算出相应的得分。算法采用了类似最长公共子序列的方法，考虑了碱基与空白配对的情况。

//题意：给你一串碱基序列，将每队碱基配对都有得分，如图给的碱基表，当然可以其中有碱基对空，求最高分

//思路：通过状态转移，从头至尾扫描，变形的最长公共子序列，（相同碱基配对得分最高）那么此时要么碱基配碱基，要么碱基配空则见代码：

#include <iostream>
#include <cstdio>
#include <algorithm>
#include <cstring>

using namespace std;

char c1[200];
char c2[200];
int p[200][200];
int d[200][200];

int max_(int a, int b, int c)    //三种状态选最优的
{
    int d;
    d = a > b ? a : b;
    d = d > c ? d : c;
    return d;
}

int main()
{
    int t;
    while(scanf("%d", &t) != EOF){
        p['A']['A']=5;//表格的初始化一定要细心，不要因为表格输入错误而WA
        p['C']['C']=5;
        p['G']['G']=5;
        p['T']['T']=5;
        p['-']['-']=-1;
        p['A']['C']=p['C']['A']=-1;
        p['A']['G']=p['G']['A']=-2;
        p['A']['T']=p['T']['A']=-1;
        p['A']['-']=p['-']['A']=-3;
        p['C']['G']=p['G']['C']=-3;
        p['C']['T']=p['T']['C']=-2;
        p['C']['-']=p['-']['C']=-4;
        p['G']['T']=p['T']['G']=-2;
        p['G']['-']=p['-']['G']=-2;
        p['T']['-']=p['-']['T']=-1;
        while(t--){
            int len1, len2;
            scanf("%d%s%d%s",&len1, c1, &len2, c2);
            memset(d, 0, sizeof(d));
            for(int i = 1; i <= len2; i++){
                d[i][0] = d[i-1][0] + p[c2[i-1]]['-'];
            }
            for(int i = 1; i <= len1; i++){
                d[0][i] = d[0][i-1] + p[c1[i-1]]['-'];
            }
            for(int i = 1; i <= len2; i++){
                for(int j = 1; j <= len1; j++){
                    d[i][j] = max_( d[i-1][j-1] + p[c2[i-1]][c1[j-1]],//前一个状态的碱基配碱基得分 （d为某状态下的总得分，p为特定碱基的得分）
                                    d[i-1][j] + p[c2[i-1]]['-'],      //两条字符串中的一条碱基配空得分
                                    d[i][j-1] + p[c1[j-1]]['-']       //两条字符串中的另一条碱基配空得分
                                   );
                }
            }
            cout << d[len2][len1] << endl;
        }
    }
    return 0;
}