密码子优化（codon optimization）

最新推荐文章于 2024-01-30 09:39:50 发布
最新推荐文章于 2024-01-30 09:39:50 发布
阅读量4.8k 收藏 7
点赞数 1
CC 4.0 BY-SA版权
文章标签： optimization 优化 生物 c
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.youkuaiyun.com/shinegene/article/details/5257138
密码子优化是根据目标生物体的偏好调整基因序列，以提高重组蛋白的表达水平。不同生物对密码子的使用存在偏好，低利用率的密码子可能导致翻译效率降低。通过对基因的重新设计，避免低利用率密码子并采用最佳密码子，可以提升蛋白质在异源表达系统中的表达效果。此外，去除mRNA去稳定序列也有助于提高蛋白产量。

密码子优化（codon optimization）
    遗传密码有64种，但是绝大多数生物倾向于利用这些密码子中的一部分。那些被最频繁利用的称为最佳密码子(optimal codons)，那些不被经常利用的称为稀有或利用率低的密码子(rare or low-usage codons)。实际上用做蛋白表达或生产的每种生物（包括大肠杆菌，酵母，哺乳动物细胞，Pichia

最低0.47元/天 解锁文章

200万优质内容无限畅学
shinegene
关注
42、基于基序工程的高效密码子优化
g5h6i7j的博客
08-17 40
本博文介绍了一种基于基序工程的高效密码子优化方法，通过线性时间和空间的动态规划算法，在最大化密码子适应指数（CAI）的同时，有效避免禁止基序并引入期望基序。该方法在基因设计中展现出显著的效率和优化效果，并通过实验验证了其在实际应用中的可行性与优势。
密码子优化--转载
weixin_33744854的博客
08-24 3013
1.先根据你的蛋白序列，输入到http://mcl1.ncifcrf.gov/dnaworks/，选择相应的物种，就可以自动给出该物种的优化序列。参考下面的这篇文章：DNAWorks: an automated method for designing oligonucleotides for PCR-based gene synthesis.http://nar.oxfordjournals.o...
codonoptimizer:执行密码子优化的简单脚本
06-24
密码子优化剂 执行密码子优化的简单脚本
密码子优化
最新发布
weixin_46795596的博客
01-30 1521
CodonOpt：赛默飞网站提供的服务，注册登录后进入。，可以自定义宿主和输入常用密码子表。查询NCBI各物种常用密码子表。一些常见的密码子优化软件包括。
密码子优化：使用机器学习来设计密码子优化的DNA序列，以提高蛋白质表达
02-28
密码子优化 使用机器学习设计密码子优化的DNA序列，以增加CHO细胞中的蛋白质表达。
提升 Python 执行速度：Codon、C/C++、Rust、Numba(JIT)、Taichi、Nuitka、MatxScript
freeking101的博客
11-18 3952
提升 Python 执行速度：Codon、C/C++、Rust、Numba(JIT)、Taichi、Nuitka、MatxScript
Codon optimization, expression and characterization of an internalizing anti-ErbB2 single chain antibody in Pichia pastoris
01-18
密码子优化的内吞型抗ErbB2单链抗体在毕赤酵母中表达和性质鉴定，胡思怡，李良维，ErbB2/P185/Her2属于表皮生长因子受体家族，在很多上皮细胞癌症如乳腺癌和卵巢癌中高表达。抗ErbB2抗体在研究ErbB2及该家族功能和...
Wild Worm Codon Adapter：Web应用密码子优化工具
1. 密码子优化（codon-optimization）：密码子优化是生物信息学中的一个重要领域，指的是根据目标生物的密码子使用偏好，对基因序列中的密码子进行选择性替换的过程。这可以提高外源基因在宿主生物中的表达效率。 2...
codon-usage-tables:代码友好格式+ Python绑定的密码子使用表
05-22
该存储库包含各种生物的密码子使用情况的简单CSV文件（在 ），供密码子优化软件使用。 中的所有文件均为以下格式 amino_acid,codon,relative_frequency *,UAA,0.64 *,UAG,0.07 *,UGA,0.29 A,GCA,0.21 A,GCC,0.27 K,...
Codon
10-25
Codon
计算密码子的java applet程序
09-15
applet程序，把jframe改为japplet，applet内存修改；
Codon入门-第2部分
04-06
使用跨平台的Codon框架的设置服务来存储和检索设置。
Ubuntu安装使用Codon高性能Python编译器记录
高性价比服务器就选：蓝易云
08-05 331
请注意，Codon是一个实验性的项目，并不是官方的Python发行版。因此，在使用Codon时可能会遇到一些兼容性和稳定性问题。建议在非生产环境中进行尝试和测试。希望这些信息对你有帮助！Codon是一个高性能的Python编译器，可在Ubuntu上进行安装和使用。替换为你要编译的Python模块的名称。
Ubuntu 22安装使用Codon高性能Python编译器记录
小俊俊的博客
07-11 1616
其中user替换为自己的目录。按Ctrl+H后可以在根目录下直接看到.codon文件夹，查看文件夹属性也可以。这里每个电脑的配置不一样，总之就是找到libpython x.x.so文件，再打开.bashrc，添加。Codon 在官方 Ubuntu 存储库中没有直接的教程，但可以尝试如下方法进行安装。本次代码为使用pandas库，对表格文件进行数据分析。原始代码用时为6.88s。输出问题应该是引用三方库时，出现部分引用问题。test.py为我自己的Python代码。差不多3倍左右的加速效果。
使用codon加速你的python程序
weixin_45921929的博客
04-05 3050
使用codon加速你的python程序
利用codon神器10倍提升我的python代码效率
qq_36608036的博客
03-23 1392
可以看到运行时间为13.530s，相较原生python脚本运行时间2m37.856s，效率提高了10倍以上。我用的centos7.9，如果报gcc编译器版本低，某些参数不支持，可通过执行。第一步：利用codon编译器将我的python脚本编译为可执行文件。通过以上操作即可切换GCC至9.3.1版本。第二步：直接执行该命令。
让 Python 拥有 C/C++ 一样的速度，编译神器 Codon 发布！
IT界那些事儿
03-13 4296
"Codon 不需要使用像 numpy 这样的 C 语言实现的库来重写程序，也不需要完全用 C 语言重写，而是可以使用相同的 Python 实现，并给出你用 C 语言重写的相同性能"，麻省理工学院教授和 CSAIL 首席研究员 Saman Amarasinghe说 道，"因此，我相信 Codon 是成功的 Python 应用程序的最简单的前进道路，这些应用程序由于缺乏性能而达到了一个极限。Codon 的 int 是一个 64 位有符号的整数，而 Python 的（在版本 3 之后）可以是任意大的。
优化器（Optimizer）介绍
热门推荐
Aliz_
08-10 5万+
Gradient Descent（Batch Gradient Descent，BGD） 梯度下降法是最原始，也是最基础的算法。 它将所有的数据集都载入，计算它们所有的梯度，然后执行决策。（即沿着梯度相反的方向更新权重） 优点是在凸函数能收敛到最小值。但显而易见的是，这方法计算量太大。假如我们的数据集很大的话，普通的GPU是完全执行不来的。还有一点，它逃不出鞍点，也容易收敛到局部最小值（也就...
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值