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RSS订阅原创 CellChat part4,5,6 cell-cell通信网络系统分析 保存CellChat对象 通过交互式CellChat浏览器探索细胞-细胞通信
CellChat通过从图论、模式识别和流形学习中抽象出来的方法对网络进行定量测量。它可以使用来确定给定信号网络中的主要信号源和目标以及中介和影响者。它可以利用预测特定细胞类型的关键输入和输出信号以及不同细胞类型之间的协调反应。它可以通过定义进行多种学习来分组信号通路。它可以通过多个来描述保守的和上下文特定的信号通路。
2025-04-01 00:43:58
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原创 CellChat part3 可视化细胞间通信网络
函数：这是CellChat包中专门用于生成气泡图来可视化细胞间通讯的函数。气泡图可以直观地展示不同细胞群体之间通过配体 - 受体对进行通讯的强度和显著性。：指定源细胞组。这里的数字4表示选择第 4 个细胞群体作为信号发送的源细胞组。在CellChat分析中，细胞群体通常会被编号，这个编号对应着特定的细胞类型或者细胞聚类。：指定目标细胞组。c(5:11)表示选择从第 5 个到第 11 个细胞群体作为信号接收的目标细胞组。这意味着代码将展示从第 4 个细胞群体到第 5 至 11 个细胞群体之间的细胞间通讯。
2025-03-28 15:43:41
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原创 CellChat part2 推断细胞间通讯网络
CellChat是先识别出高表达的配体受体，并识别这些高表达的配体-受体相互作用，并为每个相互作用分配一个概率值，并且采用并行计算的方法，去推断具有生物学意义的细胞间通讯网络。从生物学角度来看，比如患病的组织相比于没有患病的组织，一定有一部分细胞当中的某些配体和受体，一定是有更高表达了的（或者更低表达了的），于是我们要采用统计学方法去计算各个配体和受体之间相互作用的概率，然后用可视化去展现出来。
2025-03-28 10:26:49
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原创 CellChat part1 CellChat对象的数据输入处理和初始化
我们可以从一个 data matrix、Seurat、SingleCellExperiment、AnnData 对象创建一个新的 CellChat 对象，如果输入是 Seurat 或 SingleCellExperiment 对象，则默认使用对象中的 metadata，用户必须提供。对于第一种基因表达数据，我们已经很熟悉了，就是一个矩阵，矩阵的行是genes，矩阵的列是cells。使用cellchat进行分析时，有两种数据输入类型：一种是细胞的基因表达数据，另一种是用户分配的细胞标签。
2025-03-28 09:32:01
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原创 单细胞数据类型和数据对象格式
这些数据对象提供了标准化的数据结构，便于各种单细胞分析工具的开发和使用。不同平台之间也有转换方法，例如可以将Seurat对象转换为SingleCellExperiment对象或AnnData对象，反之亦然。
2025-03-27 10:11:44
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原创 CellChat part0 安装库
的某些功能调用 Python 库），可以取消注释，使 R 使用 Anaconda 里的 Python 版本。这样可以避免数据在某些操作中被误转换成因子类型，减少数据类型相关的错误。指定 Python 解释器，便于 R 和 Python 交互。主要用于推断和可视化不同细胞类型之间的配体-受体相互作用。，防止字符串自动转换为因子，提高数据处理的灵活性。，用于 R 和 Python 交互（通过。方便组合多个 ggplot2 图表。设置 R 的全局选项，使。这段 R 代码主要是为。
2025-03-25 12:52:43
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原创 ggplot2包 | R语言可视化绘图必备工具
ggplot（准确来说是 ggplot2）是基于 R 语言的数据可视化包，基于图层语法（Grammar of Graphics）设计，能帮助用户将数据以直观易懂的图形展示出来。
2025-03-25 12:43:07
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原创 patchwork包 | 跑CellChat时include的一个R包
在数据分析和可视化中，经常需要把多个图表放在一起进行对比，而。需要在同一张图中比较不同数据集或不同变量的关系。论文或报告中需要将多个图表拼接在一起。嵌入其他非 ggplot2 元素。需要调整图表布局，但不想手动调整。可为组合图添加标题和说明。让这件事变得非常简单。
2025-03-25 12:40:48
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原创 CellChat一个报错
问题出在这里：——————分割线——————plan("multisession", workers = 4) # 或者设置您想要的核心数#单数据集信令网络的流形学习。
2025-03-21 11:13:37
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原创 Excel绝对引用符号$
首先要知道的是单元格由“字母+数字”进行表达，字母表示的是列数，数字表示的是行数（这个和矩阵元素下标的逻辑是相反的）$用于对单元格进行绝对引用。，说明列是被绝对引用的。，说明行是被绝对引用的。
2025-01-19 16:50:02
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空空如也
空空如也
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