24、基因排序器与高斯消元算法：代码设计与硬件适配的探索

基因排序器与高斯消元算法：代码设计与硬件适配的探索

1. 基因排序器的设计与实现

基因排序器是一款对生物医学研究具有重要作用的程序，它以一个大表格为核心模型，每行代表一个基因，列数可变，能呈现多种类型的数据。

1.1 表格列类型

• 关联类型 ：当关系表中每个基因可包含多行时，其类型变为关联类型。在基因排序器里，单个基因的多个关联值会以逗号分隔的列表形式显示。关联类型包含用于获取数据的 SQL 代码，有一次获取一个基因数据（queryOne）、获取所有基因数据（queryFull）以及获取与特定值关联的基因数据（invQueryOne）等方式。queryOne SQL 实际上会返回两个值，一个用于在基因排序器中显示，另一个用于超链接，不过这两个值也可以相同。
• 查找类型 ：基因排序器中的大部分列属于查找或关联类型。只要是通过基因 ID 作为键的关系表，都能轻松转换为基因排序器的列。
• 基因表达列 ：这类列相对复杂。它以彩色方块的形式展示在各种器官名称下方，如大脑、肝脏、肾脏等。颜色表示该基因的 mRNA 在这些特定器官中的含量与整个身体中 mRNA 水平的对比情况。红色表示高于平均表达水平，绿色表示低于平均表达水平，黑色表示平均表达水平。从 HTML 表格的角度看，图中从胎儿大脑到睾丸的整个基因表达信息集合被视为一个基因排序器列，但为了提高可读性，会将其拆分为三列，在每五个器官组之间设置灰色分隔线。

1.2 基因过滤功能

过滤是基因排序器最强大的功能之一