metaWRAP画图报错修正

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VIP免费原创最新推荐文章于 2026-02-26 00:28:15 发布 730 阅读 AI 写同款· GEO 优化 ›

基于conda环境下的宏基因组学分析利器MetaWRAP 1.3.2 安装和使用，序列分析基本流程自动分析脚本先看图再看帮助信息Modules:MetaWRAP提供了一系列工具模块，可用于处理从环境样品中获得的大规模DNA序列数据。Quality Control（质量控制）功能：这个步骤用于检查和修剪原始序列数据，去除低质量序列、接头序列或污染序列，确保后续分析的数据质量。MetaWRAP模块。Assembly（组装）功能：将碎片序列组装成较长的连续序列（contigs），有助于获得更完整的微生物基因组信息。MetaWRAP模块，使用组装器如MEGAHIT、metaSPAdes等。阅读详情

metaWRAP画图报错修正

关于metaWRAP

宏基因组分箱流程，可以通过比较多个分箱软件的结果来取最优，最近也有更新，conda可安装，自带kraken物种注释，可以进行重组装，很优秀。

安装和使用说明见：github

关于bug

在进行bin_refinement时，metawrap会绘制bin的完整度(completion)和污染(contamination)的折线图，以此评估各个软件的分箱结果。

如果在运行这步代码时出现报错：

Traceback (most recent call last):
  File "/home/miniconda2/envs/metawrap/bin/metawrap-scripts/plot_binning_results.py", line 109, in <module>
    y_pos = data[bin_set][len(data[bin_set])*3/4]
IndexError: list index out of range

这种错误一般有两种可能：

找到的good bin只有一个，请参考Plotting error during bin_refinement #179
运行bin_refinement需要设定-c完整度和-x污染度的，如果存在.stats文件中满足这两个条件的bin个数为0，那么也会有这个报错

针对第二种情况的结局方案

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如何在linux下载安装宏基因组分析流程metaWRAP 注意：如何是国内镜像千万不要开梯子，会出现连接问题导致安装失败 1.创建一个新的 conda 环境来安装和管理所有依赖项： conda create -y -n metawrap-env python=2.7 conda activate metawrap-env 2.使用conda安装所有metaWRAP 依赖项： conda config --add channels defaults conda config --add channels conda-forge conda config --add 阅读详情

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关于bug

针对第二种情况的结局方案

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