metaWRAP画图报错修正

最新推荐文章于 2024-11-29 22:56:09 发布

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最新推荐文章于 2024-11-29 22:56:09 发布 · 645 阅读

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metaWRAP在宏基因组分箱流程中用于评估不同软件的分箱结果，但可能会遇到绘制完成度和污染度折线图时的报错。报错通常由于找到的good bin数量不足或.stats文件中符合条件的bin为0。解决方法包括检查Plotting error during bin_refinement #179和在plot_binning_results.py中添加判断语句，确保有足够bin进行绘图。

metaWRAP画图报错修正

关于metaWRAP

宏基因组分箱流程，可以通过比较多个分箱软件的结果来取最优，最近也有更新，conda可安装，自带kraken物种注释，可以进行重组装，很优秀。

安装和使用说明见：github

关于bug

在进行bin_refinement时，metawrap会绘制bin的完整度(completion)和污染(contamination)的折线图，以此评估各个软件的分箱结果。

如果在运行这步代码时出现报错：

Traceback (most recent call last):
  File "/home/miniconda2/envs/metawrap/bin/metawrap-scripts/plot_binning_results.py", line 109, in <module>
    y_pos = data[bin_set][len(data[bin_set])*3/4]
IndexError: list index out of range

这种错误一般有两种可能：