17、MoSGrid：分子模拟网格的全面解析

MoSGrid：分子模拟网格的全面解析

1. 可视化与数据管理基础

在分子模拟领域，结构和数据的可视化至关重要。可以使用基于 ChemDoodle (2014) 的集成 3D 分子查看器来检查结构，而数值数据（特别是图表和图形）则可通过 dygraphs 实现（Dygraphs 2014）进行检查。这两者都基于 JavaScript，无需额外安装 Java 插件。

2. 分布式数据管理

2.1 分布式存储架构

MoSGrid 科学网关基础设施采用分布式数据管理来存储用户的模拟数据，使得模拟数据的存储与计算位置无关。该基础设施设计为模块化，可支持不同的文件系统。

其中，XtreemFS 是一种用于网格和云环境的分布式对象文件系统。在 MoSGrid 中，它被集成以实现分子模拟数据的冗余和分布式存储。数据对象（即给定文件的块）由对象存储设备（OSDs）管理，而诸如目录树、大小、时间戳和所有权等信息则由元数据和副本目录（MRC）存储。

2.2 文件系统访问方式

文件系统可通过用户空间文件系统（FUSE）模块（FUSE 2014）访问，该模块提供 POSIX 文件系统接口或 Java API。同时支持 X.509 证书和 SAML 信任委托断言进行身份验证。在 MoSGrid 中，开发了 Java API 和 SAML 支持。

在科学网关中，通过 Java API 和 SAML 断言访问文件系统。用户可以在工作流参数化期间选择输入文件，并在工作流执行期间或之后访问文件。最后，还可以浏览 MoSGrid 数据存储库以访问过去和现在的模拟。存储在 XtreemFS 中的文件可通过